紫菜薹线粒体基因组SSR分布特征的比较分析

【目的】分析紫菜薹(Brassica rapa var. purpuraria)线粒体基因组SSR序列的分布特征，并与芸薹属主要物种进行比较，为紫菜薹SSR分子标记的开发及遗传进化研究提供参考。【方法】利用MISA软件对紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组进行搜索，并对搜索到的SSR序列分布特征进行比较分析。【结果】在紫菜薹及芸薹属6个基本种(包括白菜3个变种)的线粒体基因组中，分别筛选到168、170、167、168、180、280、185、165、179个完整的SSR序列，相对密度分别为764、774、760、764、775、777、721、744、771个·Mb-1, SSR序列的总长度分别为1 562、 1 577、 1 547、 1 562、 1 664、 2 564、 1 722、 1 524、 1 646 bp，占各自线粒体基因组序列总长度的比例分别为0.71%、0.72%、0.70%、0.71%、0.72%、0.71%、0.67%、0.69%和0.71%。在1～6个不同核苷酸重复单元中，紫菜薹及芸薹属6个基本种的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多，...