| 基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发 |
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| 引用本文： | 何芳练,董伟清,邱祖杨,蒋慧萍,刘莉莉,陈琦,黄诗宇.基于RAD-seq的荸荠SSR标记开发[J].分子植物育种,2022(1). |
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| 作者姓名： | 何芳练 董伟清 邱祖杨 蒋慧萍 刘莉莉 陈琦 黄诗宇 |
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| 作者单位： | 广西壮族自治区农业科学院生物技术研究所;荔浦市农业农村局;南宁新技术创业者中心 |
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| 基金项目： | 广西创新驱动发展专项(桂科AA17204045-8)资助。 |
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| 摘 要： | 荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜,为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记,本研究基于RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序,并进行SSR标记开发与引物设计。结果显示,共检测到5039个SSR位点,其中4127个SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的SSR位点中,三碱基重复基序类型所占比例最高,数量为1894个,占位点总数的45.89%;其次是二碱基重复基序类型,数量为1406个,占位点总数的34.07%。随机选取了100对引物进行有效性验证,扩增成功率为93%,从扩增成功的引物中选取83对引物对两个品种进行多态性检测,83对引物共得到232条条带,其中多态性条带为128条,具有多态性的引物为60对,多态性比率为72.28%。通过RAD-seq开发的荸荠SSR标记有效性和多态性较高,为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。
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| 关 键 词： | 荸荠(Eleocharis dulcis) RAD-seq SSR 分子标记 |
Development of Polymorphic SSR Markers in Chinese Water Chestnut based on RAD-seq |
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| He Fanglian,Dong Weiqing,Qiu Zuyang,Jiang Huiping,Liu Lili,Chen Qi,Huang Shiyu.Development of Polymorphic SSR Markers in Chinese Water Chestnut based on RAD-seq[J].Molecular Plant Breeding,2022(1). |
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| Authors: | He Fanglian Dong Weiqing Qiu Zuyang Jiang Huiping Liu Lili Chen Qi Huang Shiyu |
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| Institution: | (Institute of Biotechnology,Guanxi Zhuang Nationality Autonomous Region Academy of Agricultural Sciences,Nanning,530007;Lipu Municipal Bureau of Agriculture and Rural Affairs,Lipu,546600;Nanning New Technical Entrepreneur Center,Nanning,530007) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Chinese water chestnut(Eleocharis dulcis) RAD-seq SSR Molecular marker |
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