陕北地区马铃薯X病毒CP基因的RT-PCR检测及其序列分析

【目的】分析陕北8个县(区)马铃薯X病毒外壳蛋白(CP)基因序列的一致性和变异性，明确病毒变异程度，为脱毒马铃薯的推广提供参考。【方法】以陕北8个县（区）种植2～3代疑似携带病毒的马铃薯叶片为材料，首先用Trizol法提取8个采样点马铃薯叶片总RNA，以已公布的马铃薯X病毒CP基因序列设计特异引物，通过RT-PCR扩增目的DNA片段，用琼脂糖凝胶电泳检测扩增产物；然后对CP基因进行克隆并测序，使用DNAstar软件分析陕北马铃薯X病毒CP基因序列的一致性，并与国内外其他地区12个马铃薯X病毒进行比较，采用邻接法构建系统进化树。【结果】从陕北8个县（区）马铃薯叶片中均扩增到与预期大小一致的长度为620 bp目的片段，可知这些马铃薯均感染了X病毒。不同CP基因序列之间存在微小变异，8个县(区)样品间CP基因的序列一致性在95.2%～99.4%，与国内外其他地区12个样品CP基因的序列一致性在92.9%～98.5%。系统进化树显示，将X病毒可分为4个类群，而陕北8县(区) 马铃薯X病毒归属于其中的2个类群。【结论】马铃薯X病毒在陕北地区普遍存在，RT-PCR方法可快速、准确地检测到马铃薯X病毒，X病毒CP基因存在一定程度的变异。

RT-PCR detection and sequence analysis of CP gene of potato virus X in northern Shaanxi