| 栲属EST序列中微卫星含量及特征 |
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| 引用本文： | 王建,伍艳芳,徐海宁,江香梅,汪信东,郑永杰.栲属EST序列中微卫星含量及特征[J].安徽农业大学学报,2016,43(4):630-634. |
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| 作者姓名： | 王建 伍艳芳 徐海宁 江香梅 汪信东 郑永杰 |
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| 作者单位： | 江西农业大学林学院,南昌,330045;江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心,南昌,330032 |
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| 基金项目： | 江西省优势科技创新团队建设计划项目（20152BCB24014）和院博士启动项目（2011511102）共同资助。 |
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| 摘 要： | 采用生物信息学方法对栲属Castanopsis(D.Don)Spach EST序列中微卫星DNA的含量、分布、碱基组成和频率等进行了分析。通过搜索,在3354条栲属EST序列中共查找到802个SSR位点,平均1.733 kb核苷酸序列分布一个SSR位点,其中有74.56%的SSR位点分布于长度为500~799 bp的EST序列。栲属EST-SSR的主要重复类型为二核苷酸,占SSR总数的42.39%。此外,A/T(97%)、AG/CT(80%)、AAG/CTT(30%)分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。现有栲属EST-SSR的长度分布于10-224 bp之间,重复数总平均为9.11次,其中有29.30%的EST-SSR长度大于20 bp。研究结果表明,栲属EST-SSR具有丰富的多态性,可利用栲属EST-SSR序列开发一批具有应用价值的SSR分子标记供遗传多样性研究所用。
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| 关 键 词： | 栲属 EST-SSR 微卫星 重复单元 |
| 收稿时间： | 2/1/2016 12:00:00 AM |
Characteristics of microsatellites in EST sequence of Castanopsis |
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| WANG Jian,WU Yanfang,XU Haining,JIANG Xiangmei,WANG Xindong and ZHENG Yongjie.Characteristics of microsatellites in EST sequence of Castanopsis[J].Journal of Anhui Agricultural University,2016,43(4):630-634. |
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| Authors: | WANG Jian WU Yanfang XU Haining JIANG Xiangmei WANG Xindong and ZHENG Yongjie |
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| Institution: | Forestry College of Jiangxi Agricultural University, Nanchang 330045,Camphor Engineering Technology Research Center for State Forestry Bureau, Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032,Camphor Engineering Technology Research Center for State Forestry Bureau, Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032,Camphor Engineering Technology Research Center for State Forestry Bureau, Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032,Camphor Engineering Technology Research Center for State Forestry Bureau, Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032 and Camphor Engineering Technology Research Center for State Forestry Bureau, Jiangxi Academy of Forestry, Nanchang 330032 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Castanopsis EST-SSR microsatellite repeat motifs |
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