基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路

为研究干旱胁迫对番茄生长的影响，本研究利用生物信息学分析方法筛选番茄干旱胁迫的关键基因，通过检索GEO数据库中关于番茄干旱胁迫的基因芯片数据，获取GSE39894和GSE106317两个数据集矩阵数据，利用GEO2R分析工具进行差异表达基因筛选，应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO功能分析和KEEG通路富集分析，运用STRING数据库和Cystoscopes软件构建差异表达基因的蛋白互作网络，并使用MCODE及Cytohubba插件筛选出参与干旱胁迫的最显著模块及关键基因。本实验筛选出1583个差异表达基因，其中748个上调基因，835个下调基因，GO功能分析和KEEG通路富集分析表明，这些差异基因在代谢通路、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、苯丙烷生物合成等方面显著富集，蛋白互作网络分析筛选出K4C9D8＿SOLLC、K4B0Q1＿SOLLC、CB13＿SOLLC、PSBP＿SOLLC、K4BCF4＿SOLLC等10个关键基因，这些差异表达基因很可能是番茄干旱胁迫潜在的生物标志物。