马铃薯microRNA及其靶基因的预测与功能分析 |
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作者姓名: | 李世风 张宁 刘柏林 杜宏辉 司怀军 王蒂 |
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基金项目: | 国家自然科学基金,国家"863"项目 |
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摘 要: | 根据miRNA序列在植物中的高度保守性,通过拟南芥、水稻、玉米等植物中已知的miRNA序列与马铃薯的表达序列标签(EST)、基因组测序序列(GSS)以及核酸数据库中的序列进行比对,最后通过在线比对软件blastx去掉编码序列,共发现32条新的miRNAs,并且这32条前体均可折叠形成miRNA家族的标准二级结构;利用新发现的马铃薯miRNAs通过在线软件miRU和miRU2与编码蛋白的数据库比对,预测到了100个靶基因,分别编码与马铃薯生长发育、新陈代谢、信号转导、转录调节、胁迫反应等相关的蛋白.
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关 键 词: | 马铃薯 microRNA 靶基因 功能 |
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