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| 香蕉枯萎病菌1号小种分泌蛋白与效应子的预测与分析 | |
| 引用本文： | 何艳秋,颜瑞,蒙姑,杨文静,王振中,李云锋,聂燕芳.香蕉枯萎病菌1号小种分泌蛋白与效应子的预测与分析[J].植物病理学报,2020,50(2):129-140. |
| 作者姓名： | 何艳秋 颜瑞 蒙姑 杨文静 王振中 李云锋 聂燕芳 |
| 作者单位： | 华南农业大学广东省微生物信号与作物病害重点实验室,广州 510642; 华南农业大学农学院,广州 510642; 华南农业大学材料与能源学院,广州 510642 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(31600663),广东省科技计划项目(2016A020210098),广州市科技计划项目(201804010119) |
| 摘 要： | 由尖孢镰刀菌古巴专化型1号小种(Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 1,Foc1)引起的香蕉枯萎病是香蕉生产上的毁灭性病害之一。分泌蛋白作为一类重要致病因子,在Foc1与香蕉互作过程中起着重要作用。本文利用SignalP、WoLF PSORT、TargetP、TMHMM和big-PI Predictor等生物信息学软件,对Foc1全基因组编码的15 438条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白及效应子的预测分析。结果表明,Foc1全基因组编码蛋白中有988个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的6.40%。蛋白特征分析表明,其氨基酸长度主要集中在101~500个氨基酸(占总数的71.26%),信号肽长度集中在17~20个氨基酸(占61.94%),信号肽切割位点以SPaseⅠ型为主(占92.91%)。碳水化合物酶类(CAZymes)分析表明,有281个分泌蛋白属于CAZymes,其中以糖苷水解酶家族最多。对细胞壁降解酶类分析表明,有27个分泌蛋白属于纤维素降解酶类,73个属于果胶降解酶类,42个属于木聚糖降解酶类。以氨基酸长度≤400和半胱氨酸残基数≥4为筛选条件,发现Foc1经典分泌蛋白中有378个候选效应子。qRT-PCR分析表明,7个候选效应子均在香蕉组织提取物诱导后获得上调表达,从实验角度证实了其为真正的效应子。 |
| 关 键 词： | 香蕉枯萎病菌1号小种 生物信息学 分泌蛋白 效应子 碳水化合物酶类 |
| 收稿时间： | 2019-04-09 |
Genome-scale prediction and analysis of secreted proteins and effectors in Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 1 |
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| HE Yan-qiu,YAN Rui,MENG Gu,YANG Wen-jing,WANG Zhen-zhong,LI Yun-feng,NIE Yan-fang.Genome-scale prediction and analysis of secreted proteins and effectors in Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 1[J].Acta Phytopathologica Sinica,2020,50(2):129-140. | |
| Authors: | HE Yan-qiu YAN Rui MENG Gu YANG Wen-jing WANG Zhen-zhong LI Yun-feng NIE Yan-fang |
| Institution: | Guangdong Province Key Laboratory of Microbial Signals and Disease Control, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; College of Agriculture, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China; College of Materials and Energy, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China |
| Abstract: | |
| Keywords: | Fusarium oxysporum f sp cubense race 1 bioinformatics classically secreted protein effectors CAZymes |
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