西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定 |
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引用本文: | 郭睿,张璐,熊翠玲,郑燕珍,付中民,陈大福.西方蜜蜂的基因注释信息优化及新基因鉴定[J].上海交通大学学报(农业科学版),2018(3):39-44. |
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作者姓名: | 郭睿 张璐 熊翠玲 郑燕珍 付中民 陈大福 |
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作者单位: | 福建农林大学蜂学学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31702190);现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-44-KXJ7);福建农林大学科技创新专项基金项目(CXZX2017342,CXZX2017343) |
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摘 要: | 西方蜜蜂(Apis mellifera)全基因组序列早在2006年就已公布,但其基因注释信息并不完善。本研究利用前期获得的意蜂幼虫肠道RNA-seq数据对西方蜜蜂基因组的已知基因进行结构优化,对新基因进行预测、鉴定和分析。利用Cufflink软件进行转录本重构,进而与参考转录本序列进行比较,共对4 177个已公布西方蜜蜂基因的测序结果进行了优化,其中5′端延长、3′端延长、5′和3′端都延长的基因分别有2 383、2 392和2 384个。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出197个西方蜜蜂新基因,随机挑选20个新基因进行RT-PCR验证,有18对引物成功扩增出符合预期的目的片段。GO分类结果显示这些新基因涉及运输和代谢、能量代谢和信号分子和交互等21个GO terms。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果显示这些新基因富集于13个pathways,其中基因富集数最多的是细胞进程、单一有机体和结合。本研究为西方蜜蜂基因组信息提供了有益的补充和完善,也为新基因的功能研究打下了基础。
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关 键 词: | 西方蜜蜂 意大利蜜蜂 幼虫肠道 基因结构优化 新基因鉴定 |
收稿时间: | 2017/10/15 0:00:00 |
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