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长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析
引用本文:于爱清,施永海,徐嘉波,陆根海,张海明,谢永德,刘永士. 长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析[J]. 渔业科学进展, 2019, 40(5): 101-109
作者姓名:于爱清  施永海  徐嘉波  陆根海  张海明  谢永德  刘永士
作者单位:上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433;上海市水产研究所 上海市水产技术推广站 上海 200433
基金项目:上海市科技兴农重点攻关项目[沪农科攻字(2016)第6-2-2号]、上海市科学技术委员会重点科技攻关项目(17391900300)和上海市科学技术委员会重点科技攻关项目(11391901300)共同资助
摘    要:本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。

关 键 词:刀鲚  转录组  微卫星  分子标记
收稿时间:2018-08-02
修稿时间:2018-08-29

Characteristic Analysis of Microsatellites in Selected Coilia ectenes Using a Transcriptome Dataset
YU Aiqing,SHI Yonghai,XU Jiabo,LU Genhai,ZHANG Haiming,XIE Yongde and LIU Yongshi. Characteristic Analysis of Microsatellites in Selected Coilia ectenes Using a Transcriptome Dataset[J]. Progress in Fishery Sciences, 2019, 40(5): 101-109
Authors:YU Aiqing  SHI Yonghai  XU Jiabo  LU Genhai  ZHANG Haiming  XIE Yongde  LIU Yongshi
Affiliation:Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433,Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433,Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433,Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433,Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433,Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433 and Shanghai Fisheries Research Institute, Shanghai Fisheries Technology Extension Station, Shanghai 200433
Abstract:
Keywords:
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