基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因 |
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引用本文: | 章会斌,韩政,刘阳光,周忍,陈一歌,许黎明,徐启隆,殷宗俊,张晓东.基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因[J].中国畜牧杂志,2022(8):36-44. |
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作者姓名: | 章会斌 韩政 刘阳光 周忍 陈一歌 许黎明 徐启隆 殷宗俊 张晓东 |
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作者单位: | 1. 安徽农业大学动物科技学院;2. 地方畜禽遗传资源保护与生物育种安徽省重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(31972531);;国家重点研发计划(2021YFD1301200); |
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摘 要: | 本研究旨在探究参与白藜芦醇(Resveratrol,RES)诱导猪卵巢颗粒细胞(Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs)凋亡的可变剪接基因。实验以50、100μmol/LRES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据。结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件。在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因。GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目。KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等。进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因(AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因)。综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号...
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关 键 词: | 白藜芦醇 颗粒细胞 转录组测序 可变剪接 猪 |
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