猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5扩增产物与其克隆后测序结果的比较

为了明确PCR产物直接测序与克隆后测序结果的差异，验证PCR产物直接测序的“准确性”，将从两个规模化猪场采集的组织样品（A、B）PRRSV ORF5 PCR阳性扩增产物胶回收后连接至pMD19-T载体，分别取15个阳性亚克隆单菌落，同原始PCR产物进行测序，对两个样品各获得的16条序列进行比对分析。结果显示：A、B两组样品16条序列间的核苷酸同源性分别为84.2%~100%、87.4%~100%，PCR产物与其15个亚克隆测序获得序列的核苷酸同源性分别为87.7%~97.3%、87.9%~100%。遗传演化分析方面：样品A序列与其亚克隆序列被划分在谱系1、5、8，占比分别为6.25%、87.50%、6.25%，与其12个亚克隆序列同属于谱系5；样品B与其亚克隆序列被划分在谱系5、8，占比分别为68.75%、31.25%，与其10个亚克隆序列同属于谱系5。结果表明，同一样品中PRRSV ORF5序列具有多样性，不同样品的PRRSV ORF5序列丰富度不同。结果提示，在生产实际中，通过PCR对PRRSV ORF5产物进行直接测序，对于了解场内流行毒株具有一定的指示意义。

Comparison of Sequencing Results between PRRSV ORF5 Amplification Products and Its Cloning