| 京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释 |
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| 引用本文： | 韩昆鹏,段炼,李婷婷,王金玉,张涛,李国辉,张跟喜,薛倩.京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释[J].中国畜牧兽医,2016,43(4):854-861. |
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| 作者姓名： | 韩昆鹏 段炼 李婷婷 王金玉 张涛 李国辉 张跟喜 薛倩 |
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| 作者单位： | 1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009;2. 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室, 扬州 225009 |
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| 基金项目： | 国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05);江苏高校优势学科建设工程;江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室 |
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| 摘 要： | 本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。
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| 关 键 词： | 转录组测序 京海黄鸡 基因结构 SNP 新基因 |
| 收稿时间： | 2015-10-13 |
Study on RNA-Seq of Jinghai Yellow Chicken Ovary:Analysis of Gene Structure and Mining New Genes |
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| HAN Kun-peng,DUAN Lian,LI Ting-ting,WANG Jing-yu,ZHANG Tao,LI Guo-hui,ZHANG Gen-xi,XUE Qian.Study on RNA-Seq of Jinghai Yellow Chicken Ovary:Analysis of Gene Structure and Mining New Genes[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2016,43(4):854-861. |
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| Authors: | HAN Kun-peng DUAN Lian LI Ting-ting WANG Jing-yu ZHANG Tao LI Guo-hui ZHANG Gen-xi XUE Qian |
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| Institution: | 1. College of Animal Science and Technology, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China;2. Key Laboratory for Animal Genetics, Breeding, Reproduction and Molecular Design of Jiangsu Province, Yangzhou 225009, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA-Seq Jinghai Yellow chicken gene structure SNP new genes |
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