| 红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 张伟,付云,张煜. 红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析[J]. 广东农业科学, 2014, 41(17): 119-123 |
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| 作者姓名： | 张伟 付云 张煜 |
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| 作者单位： | 新乡医学院基础医学院,河南新乡,453003 |
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| 基金项目： | 河南省教育厅重点项目，新乡医学院高学历人才启动基金 |
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| 摘 要： | 利用斑马鱼的SREBP-1的氨基酸序列NP_001098599.1为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLAST分析,获得红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的固醇调节元件结合蛋白-1 (Sterol regulatory element binding protein-1,SREBP-1)的cDNA序列及相应的氨基酸序列.采用生物信息学方法对其基本理化性质、蛋白质结构及功能结构域进行分析.结果发现红鳍东方纯SREBP-1基因的开放阅读框全长3 330 bp,共编码1 109个氨基酸;红鳍东方鲀SREBP-1的氨基酸序列与黄斑蓝子鱼、大西洋鲑、斑马鱼、人、牛及原鸡的同源性分别为81％、73％、72％、55％ 、55％、54％和54％;系统进化分析结果表明,红鳍东方纯SREBP-1与黄斑蓝子鱼的进化关系最为密切,亲缘关系最近;红鳍东方鲀SREBP-1蛋白中α-螺旋较多,该蛋白质氨基端包含1个bHLH-zip的结构.
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| 关 键 词： | 红鳍东方鲀 固醇调节元件结合蛋白-1 生物信息学 电子克隆 |
Silico cloning and bioinformatic analysis of SREBP-1 gene in torafugu Takifugu rubripes |
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| ZHANG Wei,FU Yun,ZHANG Yu. Silico cloning and bioinformatic analysis of SREBP-1 gene in torafugu Takifugu rubripes[J]. Guangdong Agricultural Sciences, 2014, 41(17): 119-123 |
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| Authors: | ZHANG Wei FU Yun ZHANG Yu |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Takifugu rubripes SREBP-1 bioinformatics silico cloning |
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