茄科作物基因组内源病毒元件的分析鉴定

利用6个茄科物种的35个公开基因组数据进行了茄科基因组内源性病毒元件（endogenous viralelement,EVE）的挖掘。结果发现，主要来源于花椰菜花叶病毒科（Caulimoviridae）等共17种疑似的植物EVE。其中，烟草脉明病毒（tobacco vein clearing virus,TVCV）序列以大片段的形式普遍存于几乎所有收集的茄科植物基因组中，含量大约在0.01%～0.32%，片段平均长度范围为500～2 300 bp，序列数量范围为200～5 000条。以马铃薯DM1-3基因组为例分析这些TVCV内源序列的分布和组成，发现内源性TVCV序列在马铃薯DM 1-3的12条染色体上分散排布，平均每条染色体上有57条序列；这些内源病毒序列与TVCV基因组比对，虽然它们无法覆盖TVCV完整基因组序列，但是能够覆盖完整的编码区。进一步通过RT-PCR和原位杂交定位，验证了TVCV在马铃薯材料中的存在和分布。