青稞响应燕麦镰孢菌侵染的转录组分析CSCD |
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引用本文: | 漆永红,李雪萍,曹素芳,李敏权.青稞响应燕麦镰孢菌侵染的转录组分析CSCD[J].草原与草坪,2018(5):35-42. |
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作者姓名: | 漆永红 李雪萍 曹素芳 李敏权 |
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作者单位: | 1.甘肃农业大学草业学院/草业生态系统教育部重点实验室/甘肃省草业工程实验室/中-美草地畜牧业可持续发展研究中心730070;2.甘肃省农业科学院植物保护研究所730070;3.甘肃省农业科学院林果花卉研究所730070; |
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基金项目: | 国家公益性行业专项(201503112);国家重点研发计划(2018YFD0201100);甘肃省农业科学院科研条件建设及成果转化项目(2017GAAS73)资助 |
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摘 要: | 为了明确青稞与燕麦镰孢菌在转录水平上的互作,以抗病青稞NQK-01-03和感病青稞甘青2号为材料,以Illumina HiSeq Xten为平台,对抗感病青稞在接菌前、接菌20d和40d后茎基部的转录组进行测序。结果表明:经过测序质量控制,抗感病青稞茎基部共得到112.97Gb Clean Data。DEGs基因表达注释共获得差异表达基因4 280个,其中,上调基因2 037个,下调基因2 243个。通过BLAST软件与COG、GO、KEGG、KOG、NCBI-NR、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG数据库进行比对,28 869条Unigene获得注释信息,NCBI-NR数据库注释到的Unigene数量最多达到3 981条,占全部注释基因的13.79%。差异表达基因的KEGG通路富集Q-value≤0.05主要有5条,分别为苯丙氨酸代谢、异喹啉类生物碱的生物合成、酪氨酸代谢、苯丙基类生物合成和光合作用天线蛋白。抗病青稞NQK-01-03和感病青稞甘青2号之间GO注释系统包含生物学过程、细胞组分和分子功能3个主要分支。eggNOG和NCBI-NR注释的新基因数目最多分别达到1 833和2 396个,所占比例分别为59.22%和77.42%。
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关 键 词: | 青稞 燕麦镰孢菌 转录组 互作机制 |
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