| 番茄红素合成调控基因 SISGR1的分子特征及sgRNA分析 |
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| 引用本文： | 刘江娜,张西英,李荣霞,张小伟,白云凤,张爱萍.番茄红素合成调控基因 SISGR1的分子特征及sgRNA分析[J].西北农业学报,2022(8):1017-1024. |
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| 作者姓名： | 刘江娜 张西英 李荣霞 张小伟 白云凤 张爱萍 |
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| 作者单位： | (新疆生产建设兵团第六师农业科学研究所,新疆五家渠 831300) |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 (32160710，31760571);兵团科技人才创新计划(2021CB037)；第六师科技计划(1903)。 |
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| 摘 要： | 旨在明确番茄 SlSGR1基因的分子特征及其sgRNA的分布，为利用CRISPR/Cas9 技术对 SlSGR1及其上游启动子序列进行定点突变或片段删除、调控 SlSGR1的表达为提高番茄果实的番茄红素含量提供技术支持。利用Blast分析番茄红素合成调控基因 SlSGR1的分子特征，结果表明 SlSGR1基因位于番茄第8号染色体，含4个外显子和3个内含子，编码区长度为819 nt，编码272 aa，其中48～200 aa为典型的staygreen superfamily保守结构域。基于对RNA-seq建立的 SlSGR1数字表达谱分析表明， SlSGR1呈果实特异性表达，在植株的根、茎、叶等部位不表达。利用在线工具CRISPRdirect 分析表明， SlSGR1外显子区域含有PAM为NGG的sgRNA有64条，其中1条为番茄全基因组上唯一邻近PAM 12 nt 特异性最高的种子序列，预示该sgRNA可用于番茄不同品种 SlSGR1基因的靶向编辑并可有效避免脱靶效应。对 SlSGR1上游1 500 bp启动子序列分析表明，该序列含有2条番茄全基因组上特异性较好的唯一sgRNA序列，7条分别含有不同顺式元件的sgRNA，意味着选用这些sgRNA进行基因编辑，可使所含的启动子元件序列发生突变致使功能变化，以提高番茄红素含量。
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| 关 键 词： | 番茄 SlSGR1 分子特征 启动子 sgRNA |
Molecular Characteristics and sgRNA Analysis of SlSGR1 Gene in Tomato |
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| LIU Jiangn,ZHANG Xiying,LI Rongxi,ZHANG Xiaowei,BAI Yunfeng and ZHANG Aiping.Molecular Characteristics and sgRNA Analysis of SlSGR1 Gene in Tomato[J].Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica,2022(8):1017-1024. |
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| Authors: | LIU Jiangn ZHANG Xiying LI Rongxi ZHANG Xiaowei BAI Yunfeng and ZHANG Aiping |
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