| 林麝粪便细菌多样性研究 |
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| 引用本文： | 周美丽,王立志,闫天海,杨营,徐琴,王继文,郭伟.林麝粪便细菌多样性研究[J].中国农业大学学报,2016,21(2):100-106. |
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| 作者姓名： | 周美丽 王立志 闫天海 杨营 徐琴 王继文 郭伟 |
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| 作者单位： | 四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014;四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014;四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014;四川省养麝研究所, 四川都江堰 611800;四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014;四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014;四川农业大学动物营养研究所/动物抗病营养教育部重点实验室, 四川雅安 625014 |
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| 基金项目： | 四川省科技厅国际合作项目(2013HH0043) |
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| 摘 要： | 为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。
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| 关 键 词： | 林麝 菌群结构 OTU稀释曲线 共享菌群 |
| 收稿时间： | 2015/4/3 0:00:00 |
Exploring the diversity of musk deer fecal bacterial community |
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| ZHOU Mei-li,WANG Li-zhi,YAN Tian-hai,YANG Ying,XU Qin,WANG Ji-wen and GUO Wei.Exploring the diversity of musk deer fecal bacterial community[J].Journal of China Agricultural University,2016,21(2):100-106. |
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| Authors: | ZHOU Mei-li WANG Li-zhi YAN Tian-hai YANG Ying XU Qin WANG Ji-wen and GUO Wei |
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| Institution: | Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China;Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China;Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China;Sichuan Institute of Musk Deer Breeding, Dujiangyan 611800, China;Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China;Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China;Institute of Animal Nutrition, Sichuan Agricultural University, Key Laboratory for Animal Disease-Resistance Nutrition of Ministry of Education, Ya''an 625014, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | musk deer structure of bacteria community OTU rarefaction curve shared bacteria community |
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