以TMV为模式建立基于宏基因组学的植物病毒检测方法

用感染烟草花叶病毒(TMV)的烟株做阳性对照,提取dsRNA,采用随机引物扩增、高通量测序方法进行了序列分析。PCR产物宏基因组测序结果显示:TMV的检出频率为99.84%;属水平分类和丰度统计结果显示:Tobamovirus占99.913%,成功建立了以植物病毒dsRNA提取与高通量测序相结合的植物病毒探测方法。按照病毒类似颗粒提取的方法对感染TMV的烟株提取病毒类似颗粒,获得TMV病毒粒子,从中提取RNA,应用TMV特异引物,进行RT-PCR,结果显示:扩增产物序列与TMA序列同源性为99%。结果表明:用该病毒类似颗粒抽提方法能成功提取TMV病毒粒子及RNA,满足宏基因组分析要求。应用本研究构建的dsRNA及病毒类似颗粒的方法,提取20个表现植物病毒病症状的植物样本dsRNA与病毒类似颗粒的DNA,核酸检测质量较好,成功检测到10多种植物病毒。所构建的方法为宏基因组技术探测农业栽培区及非耕作区植物病毒种群与生态适应奠定了基础。