| 利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因 |
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| 引用本文： | 常 玮,王 娟,黄志刚,等.利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2016,44(12):64-72. |
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| 作者姓名： | 常 玮 王 娟 黄志刚 等 |
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| 作者单位： | 南阳师范学院 农业工程学院,南阳师范学院 农业工程学院,南阳师范学院 农业工程学院 |
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| 基金项目： | 南阳师范学院科研基金项目（ZX2015012） |
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| 摘 要： | 【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1及HapMap数据来鉴别大豆中可能存在的增变基因。【方法】将大豆HapMap数据(包含19 652份大豆种质在52 041个位点上的分型结果)预处理后,利用改进的超级集群分离分析法,选取滑动窗口大小、步长及阈值大小为参数,对预处理后的大豆种质数据进行分析,测算大豆点突变比率及突变热点区数目,并将点突变比率及突变热点区数目与分子标记进行关联性分析,从强关联区内挖掘候选增变基因,用大豆基因组Wm82.a2.v1对其功能进行初步推测。【结果】大豆HapMap数据预处理后,15 391份大豆种质点突变比率为0.089~0.531,平均变异率为0.261;突变热点区数目为5~1 324个,平均每份种质包含347.8个突变热点区。超级集群分离分析结果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725bp片段为与点突变比率和突变热点区数目2个表型同时存在强关联的区域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gm17上的Glyma17g15420.1同属于nudix水解酶基因家族,推测其与基因组突变有关。【结论】Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2个nudix水解酶基因家族成员都与点突变比率和突变热点区数目存在强关联,可作为大豆基因组候选增变基因。
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| 关 键 词： | 大豆 突变热点 增变基因 超级集群分离分析 nudix水解酶基因 |
| 收稿时间： | 2015/7/10 0:00:00 |
Identification of mutators in soybean genome by super bulked segregant analysis |
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| CHANG Wei,WANG Juan and HUANG Zhigang,et al.Identification of mutators in soybean genome by super bulked segregant analysis[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2016,44(12):64-72. |
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| Authors: | CHANG Wei WANG Juan and HUANG Zhigang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | soybean mutation hotspots mutators Super-BSA nudix hydrolase genes |
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