| 植物群体遗传进化研究方法探析 |
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| 引用本文： | 郎娜,刘之慧,宋艰难,董清华.植物群体遗传进化研究方法探析[J].北京农学院学报,2016,31(2):5-9. |
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| 作者姓名： | 郎娜 刘之慧 宋艰难 董清华 |
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| 作者单位： | 北京农学院植物科学技术学院,北京,102206;北京农学院植物科学技术学院,北京,102206;北京农学院植物科学技术学院,北京,102206;北京农学院植物科学技术学院,北京,102206 |
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| 基金项目： | 2015人才培养质量提高项目(就业与创业)“研究生创新科研项目”(5056516002/016)，北京市属高等学校创新团队建设与教师职业发展计划项目(IDHT20140509) |
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| 摘 要： | 目的]评估植物群体遗传进化研究涉及的相关算法软件,为该研究领域提供方法选择参考.方法]利用重测序数据,就群体遗传进化研究的各种算法做比较,对相关算法分析效果做对比评估.结果]评估结果表明,进化树耗时和数据大小、模型选择均有较大关系,两者共同决定运算时间,另外运算效果还和多序列的比对效果有很大关系.群体结构分析fastStructure、Admixture软件运算速率、准确度较Structure软件有明显提高.主成分分析耗时相对较少,可用Cluster和R软件实现,两款软件的计算结果可相互验证;连锁不平衡分析推荐Plink2软件.结论]算法及软件的选择对植物群体遗传进化研究的效率、结果影响较大.
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| 关 键 词： | 群体进化 遗传 软件 算法 |
Exploring the algorithms of plant population genetics and evolution |
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| LANG Na,LIU Zhihui,SONG Jiannan,DONG Qinghua.Exploring the algorithms of plant population genetics and evolution[J].Journal of Beijing Agricultural College,2016,31(2):5-9. |
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| Authors: | LANG Na LIU Zhihui SONG Jiannan DONG Qinghua |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | population evolution genetics software algorithm |
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