秀珍菇转录组测序和初步分析

目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。方法]构建秀珍菇高质量c DNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测。结果]共获得81 693个非重复序列基因(universal gene,Uni Gene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的Uni Gene数量为61 306个。NR数据分析显示,秀珍菇已比对的Uni Gene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的 86.1%。同时,对秀珍菇转录组的Uni Gene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14 315个Uni Gene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1 683、1 241、1 243和1 372个,表明富集在上述通路中的Uni Gene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用。通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10 967和10 683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2 102个位点发生A/C颠换。通过查找分析SSR位点发现,共获得7 574个SSR位点,占Uni Gene总数的比例为9.27%。其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14%,其次为三核苷酸重复类型,为31.94%。结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础。