里岔黑猪基因组选择信号检测与分析

为了探究里岔黑猪在种群形成过程中分子层面留下的选择印迹,本实验以里岔黑猪保种场的441头个体为研究对象,利用猪50K SNP芯片“中芯一号”进行基因分型,应用基于等位基因频率谱的Tajima's D检验方法进行群体内选择信号检测,并将受选择的区域与猪QTL数据库及Ensemble数据库进行比对。结果显示,与猪QTL数据库比对,共得到1 722个重叠QTL,涉及肉质、繁殖、生产、健康、外貌等性状。与Ensemble基因组数据库比对,共找到了319个重叠基因,结合基因注释与富集分析结果,共筛选到7个重要功能基因,包括CEBPB、FSHR、CCL16、RORA、TRIM24、RASSF2和EXT1,参与卵泡发育、机体免疫、成骨细胞分化等生物学过程,这些基因与里岔黑猪繁殖力高、抗病力强、多肋等优异性状相关。本研究结果对里岔黑猪群体的保种育种以及优异性状功能基因的挖掘有重要指导意义。