青海草原毛虫转录组分析及SSR位点开发

青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是青藏高原牧区重要的害虫之一。本研究采用Illumina HiSeq^TM2000高通量测序平台对青海草原毛虫成虫和4龄幼虫进行转录组测序,在此基础上筛选其微卫星(Single sequence reperts, SSR)位点并挖掘微卫星引物。本研究共获得63 335条unigenes,有12 597个微卫星位点分布于9 851条unigenes中。通过KOG,GO注释和KEGG通路数据库分析发现,unigenes注释主要集中于一般功能预测、细胞进程和碳水化合物代谢过程。SSR重复类型主要为单核苷酸和二核苷酸重复,(A/T)_n是单核苷酸重复中最主要的基元类型,占总SSR位点的71.37%,(AC/GT)_n为二核苷酸重复的优势基元,占总SSR位点数的6.06%,且SSR数量随重复次数增加而降低,重复次数类型随基元序列长度增长而减少。利用Primer 3软件设计出2 714对青海草原毛虫SSR引物,随机挑出25对引物进行PCR验证,有11对引物扩增出目的DNA片段。...