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球茎甘蓝SSR分子标记开发及指纹图谱构建
作者姓名:李晓娟  赵文菊  赵孟良  郭怡婷  马一栋  马雪杰  任延靖
作者单位:1. 青海大学;2. 青海大学农林科学院/青藏高原种质资源研究与利用实验室;3. 青海大学/三江源生态和高原农牧业国家重点实验室;5. 农业农村部青藏高原种质资源保护与遗传改良重点实验室
基金项目:国家重点研发计划项目(2022YFD1602400);;国家大宗蔬菜产业技术体系项目(CARS-23-G26);
摘    要:【目的】开发球茎甘蓝SSR分子标记,并构建球茎甘蓝的指纹图谱,以期从分子水平了解球茎甘蓝品种间的遗传多样性及亲缘关系,为球茎甘蓝育种材料选择提供参考。【方法】基于转录组数据,利用生物信息学方法开发球茎甘蓝的SSR标记并分析其分布特征,PCR检测SSR引物的有效性和多态性,筛选出多态性引物,用于分析18份球茎甘蓝材料的亲缘关系并构建指纹图谱。【结果】通过球茎甘蓝转录组测序共获得196642条Unigenes,其中85468条含有SSR位点,SSR出现频率43.46%;单一型SSR位点以单核苷酸(44.74%)为主要类型,其次为二核苷酸(26.37%)和三核苷酸(27.35%)类型。SSR位点有112种重复基序,其中单核苷酸重复基序以A/T为主(占44.16%),二核苷酸重复基序以AG/CT为主(占18.11%)。PCR筛选获得29对引物能扩增出86条多态性条带,平均每对引物扩增出3.28条。根据扩增出的多态性条带对18份球茎甘蓝材料进行聚类分析,结果显示在遗传距离为0.61处将其分为五大类,同时还构建了18份球茎甘蓝DNA指纹图谱数据库,建立了相应的识别二维码。【结论】开发获得29个球茎...

关 键 词:球茎甘蓝  转录组  SSR分子标记  聚类分析  指纹图谱
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