转录组测序筛选山羊妊娠早期胚胎附植相关基因 |
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引用本文: | 骆金红,陈祥,尚以顺,敖叶,李鹏程.转录组测序筛选山羊妊娠早期胚胎附植相关基因[J].畜牧兽医学报,2022,53(5):1465-1474. |
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作者姓名: | 骆金红 陈祥 尚以顺 敖叶 李鹏程 |
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作者单位: | 1. 贵州大学 高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵阳 550025;2. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025;3. 贵州省农业科学院草业研究所, 贵阳 550006 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(32060753);;国家重点研发计划项目(2017YFD0501904); |
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摘 要: | 旨在通过胚胎附植前、后的山羊子宫角组织高通量测序筛选妊娠早期胚胎附植的关键基因。本研究选取2~4岁体重相近((44.76±3.49)kg)的经产努比亚母山羊16只,在同期发情-人工输精配种后的第15(D15)和第30天(D30)分别随机选取3只羊颈动脉放血处死。采集子宫角组织利用Illumina HiSeq进行高通量转录组测序(RNA-Seq),筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并对DEGs进行功能注释,基因功能查询进一步筛选与胚胎附植直接相关的调控基因,荧光定量PCR(qRT-PCR)对筛选的基因进行表达量验证分析。D15和D30子宫角组织转录本比较分析发现了 2 000个DEGs,其中上调基因620个,下调基因1 380个。GO功能聚类分析共分为3大类52组,其中细胞组分17组,生物过程23组,分子功能12组,获得细胞连接与增殖,生物粘附与调节,分子活性与转导等重要生物途径。以D15表达量高低为排序标准,从表达量最高的10个基因中筛选出了与胚胎附植有关的基因MGP和TAGLN;从上调和下调幅度最大的前10个差异表达基因中,获得参与妊娠相关糖蛋白合成与分泌的基因PAG-3、PAG-8、PAG-12,参与生长因子结合与生长激素释放激素受体活性相关基因GHRHR和胰岛素样生长因子结合蛋白基因IGFBP1。qRT-PCR结果显示,随机选取的6个基因在D15和D30子宫角中表达变化趋势与RNA-Seq结果一致。获得的基因MGP、TAGLN、PAG-3、PAG-8、PAG-12、GHRHR、IGFBP1在努比亚山羊胚胎附植中具有重要作用。
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关 键 词: | 努比亚山羊 妊娠早期 子宫角 胚胎附植 转录组测序 |
收稿时间: | 2021-09-30 |
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