NCBI数据库及其资源的获取

NCBI是美国的一个大型生物信息学系统,它主要通过NCBI网站为全世界的科学家服务,它拥有多种数据库查询工具,以及多种数据库分析资源,对于我们查询文献、人类基因组信息、基因表达、蛋白质结构、肿瘤遗传信息,以及不同种属遗传信息等等有非常大的帮助,是一个非常重要的生物医学资源。     

基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台设计与实现

介绍了山东省千佛山医院基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台的设计和实现。     

竹子基因报告（～2015年）

竹子是重要的森林植物类型。随着分子生物技术的发展,可以从基因水平对竹类作物进行研究,从2009年GeneID为8223103的NCBI第1个竹子基因登录,截止2015年底,已有6462个竹子基因成功登录,分布于竹亚科3个族的33个属的50个种。相比2014年,新增2519个基因,分布于14个属的20个种,文章调查分析了这些基因的描述、类型以及基因参考序列的情况,年度更新了2014年版“竹子基因调查分析报告”。     

NCBI和cDNA文库中栽培花生EST-SSR分子标记的开发及其特点

本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86 132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12 501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton 11 260条,contig 9 972条.通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3 104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%.这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少.在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%.在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%.所有这些SSR基序的长度在4～51个之间.     

基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性.     

鱼类营养代谢性疾病相关基因数据库的调研与分析

集约化养殖条件下鱼类营养代谢性疾病频发,如何防治是目前亟待解决的问题。寻找导致营养代谢性疾病的关键基因,并研究其功能及作用机制是目前研究的热点。高通量测序技术为研究者提供了海量的基因信息,如何有效的挖掘、分析和存储数据并用于疾病的防治显得尤为重要。目前,鱼类营养代谢性疾病相关基因数据库的开发和利用仍处于研究初期。为了合理高效地利用现有的组学数据信息,本研究系统地调研了鱼类代谢性疾病相关数据库,明晰了NCBI数据库中265种鱼类的基因组大小和64种鱼类的染色体数目,获取了Ensembl数据库中17个目58种鱼类的基因组数据,收集了KEGG数据库中41种鱼类的糖类、脂类和蛋白质代谢相关基因。本文可为鱼类营养代谢性疾病基因数据库的研发提供数据支撑,并为鱼类营养代谢性疾病的治疗和预防奠定坚实的基础。     

Establishment of a bank of positive controls for diagnosis of quarantine viruses and viroids in Brazil through PCR and RT-PCR

The analysis of plant materials such as seeds, seedlings and other units for vegetative propagation that are imported, before planting in the country, routinely transported across international borders, is essential to decrease the imminent risk of introducing exotic pathogens, considered A1 pests. However, this requires the use of reliable positive controls, to prevent any false positives and/or negative results, causing undesirable consequences. The aims of this study were to set up a bank of positive controls constituted, in most cases, by the cDNA of the viral capsid gene cloned into commercial plasmid and propose diagnostic primers for PCR and RT-PCR assays. Genomic fragments of 41 quarantine viruses and two quarantine viroids in Brazil, as well as 12 regulated non-quarantine viruses, were cloned in plasmids, to be used as a positive control in diagnostic RT-PCR and PCR tests. Besides being a safer and more economical alternative, this bank will avoid the use of virus-infected tissue or total nucleic acid, which would still be infectious. The correct usage of this kind of positive control would eliminate the risk of incidental introduction of exotic viruses in Brazil.     

PubMed快速检索功能的实现

介绍了三部分内容:第一先将PubMed添加到带Goosle工具栏的Firefox浏览器,获得符合IE7要求的URL,然后添加到IE7的搜索工具栏;第二介绍了利用NCBI Search ToolKit工具将PubMed和NCBI添加到IE浏览器的右键;最后介绍了基于Mozilla内核浏览器的PubMed search plugin,它们都可以实现快速检索PubMed数据库的功能.