陆地棉SRO基因家族的鉴定及表达分析

SRO是植物特有的类RCD-ONE蛋白家族,在植物抵御各种生物和非生物胁迫过程中具有重要的作用。本研究利用生物信息学方法从陆地棉遗传标准系TM-1(Gossypium hirsutum L.acc.TM-1)基因组中鉴定到12个SRO基因家族成员。多重序列比对及进化树分析表明,12个陆地棉SRO均含有PARP和RST结构域,聚为3类,即A、B和C亚家族。转录组数据分析表明,TM-1全基因组中的Gh_D12G1442在茎中优势表达,Gh_D05G2064在萼片和雄蕊中优势表达;Gh_A05G3788在雄蕊中优势表达,Gh_A12G1318在雄蕊和纤维中优势表达;Gh_A12G2480、Gh_D12G2608、Gh_A05G2257和Gh_D05G2516在纤维中优势表达;Gh_A08G1390、Gh_D08G1685、Gh_A12G2663和Gh_D12G2054具有较为广泛的组织表达。逆境胁迫处理试验表明,Gh_A08G1390明显受冷处理和盐处理的诱导,Gh_D12G2054、Gh_D08G1685、Gh_A12G2663基因在不同的胁迫处理下受到不同程度的诱导。     

工能基因组学:T-DNA介导的基因诱捕和植物基因鉴定(英文)

拟南芥菜、水稻、蕃茄、土豆、玉米、小麦和大豆的全基因组测序为植物细胞和发育生 物学研究提供了许多有用的信息。基因组学的中心任务是利用这些信息去探索蛋白质的功能 和鉴定与发育有关的重要基因。尽管依赖于毁坏基因和产生可识别的突变表型的经典遗传学 方法仍然是极为成功的基因鉴定方法，借助于报告基因结构，随机插入植物基因组的T-DNA 介导的基因诱捕正发展成为植物细胞和发育生物学研究的极强有力的技术。本文描述了基因 诱捕、启动子诱捕和增强子诱捕在植物生物学中的应用，并且希望这些基因鉴定方法有助于 植物分子生物学家和生物技术工作者的研究。     

基于基因组学的作物抗旱改良

随着基因组学的发展,利用大量的序列信息鉴定和克隆抗旱相关基因以改良作物的生产性能具有重要意义。作物抗旱性属数量遗传,其数量性状位点的鉴定是分子标记辅助选择改良作物抗旱性的基础。笔者就作物抗旱基因鉴定及相关功能基因组学的最新进展作系统的介绍,并探讨了今后作物抗旱性研究发展方向。     

Where systems biology meets postharvest

According to the dictionary, a system is something like “a group or combination of interrelated, interdependent, or interacting elements forming a collective entity”. In postharvest, fresh harvested food crops can be considered isolated small scale systems. Postharvest research aims to understand the quality of these ‘systems’ as influenced by postharvest conditions. The phenotypic quality of horticultural produce is based on genetic traits that are expressed through a cascade of reactions subject to complex regulatory mechanisms and diverse environmental conditions. Ultimately, to fully understand postharvest phenomena, a systemic approach that links genetic and environmental responses and identifies the underlying biological networks is required. Thanks to the development of high throughput omics techniques such system-wide approaches have become a viable option to support traditional postharvest research. This review provides an overview of systems biology and how it can lead postharvest research into a new era.     

植物基因组学与种质资源新基因发掘

种质资源是基因的载体,如何从种质资源中发掘出新的目标基因是21世纪植物育种所面临的最大挑战之一。近年来,随着植物基因组学的迅猛发展,新的基因发掘方法和技术不断涌现,新基因发掘也产生了各种新的思路和策略。笔者在回顾基因发掘历史的基础上,对中国的新基因发掘现状和问题进行了分析,并针对各种基因发掘方法和策略进行了评述,提出了开展新基因发掘的发展方向。     

组培枣苗基因组DNA提取方法及其含量的比较

本文以组培二倍体木枣、四倍体变异苗和二倍体京枣苗为供试材料,采用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度检测技术,研究了不同提取方法对其叶片基因组DNA的提取效果。结果表明,CTAB法提取枣叶片DNA的效果优于SDS法,表现为蛋白质杂质干扰少,DNA结构完整、纯度与得率高;用不同方法提取的样液中DNA片段的大小和分布是不同的,以改进的CTAB法提取的样液中大片段的DNA分子较多,所以在其底部分布较多,而用SDS法提取的样液中小片段的DNA分子较多,故在其上部分布较多;电泳时不同的加样量获得的DNA带也有较大差异,试验选出CTAB法提取样液的适宜的加样量为5μL（7.485μg）,SDS法提取样液的适宜的加样量为4μL（5.988μg）;枣品种间DNA的含量明显不同,木枣四倍体的DNA含量（3.074μg/μL）相当于组培木枣二倍体（1.497μg/μL）的2倍,也明显地高于京枣二倍体（2.182μg/μL）。这些结果为枣树遗传种质资源的研究奠定了一定的科学与技术基础。     

The exploitation of the genome in the search for determinants of virulence in Streptococcus uberis

Despite much success in the control of mastitis in dairy cattle, intramammary infection with Streptococcus uberis remains a threat to herd health. This organism is a frequent cause of mastitis worldwide. Recent advances in the ability to genetically manipulate this bacterium, coupled to the determination of a representative genome sequence have already enabled the investigation of certain aspects of disease pathogenesis. Further use of such technology coupled to reliable models of disease and post-genomic analysis will permit the elucidation of further interactions between pathogen and host. This additional information can be usefully targeted at identification of candidates for inclusion in effective vaccines. This communication reviews the current, reported progress using this technology for S. uberis.     

表型组学及多组学联合分析在植物种质资源精准鉴定中的应用

种质资源是指具有实际或潜在利用价值的、携带生物遗传信息的载体。表型组学是近年来新兴的高通量、高分辨率的表型分析技术和平台。随着各种先进的表型组学研究工具和平台的研发,表型组学在种质资源筛选和评价中起着越来越重要的作用:在植物优异农艺性状鉴定、抗逆性研究、突变体研究和分子标记辅助育种研究中,高能量、高分辨率的鉴定技术对基因与环境互作的表型鉴定,为种质资源的规模化、批量化鉴定评价提供了基础和条件,为发掘优异种质和优良等位基因奠定了基础。