企鹅系统发育分类与肠道菌群组成差异的相关性

除了环境和食物因素外,宿主的系统发育同样被认为会影响动物的肠道菌群,但对于鸟类,特别是极地企鹅不同种属的系统发育分类学差异对其肠道菌群的影响尚未清楚。本研究利用在相同环境和食物条件下馆养的王企鹅（Aptenodytes patagonicus）、帽带企鹅（Pygoscelis antarctica）和巴布亚企鹅（P.papua）分析宿主系统发育分类学差异对企鹅肠道菌群的影响。结果表明：不同企鹅的肠道菌群多样性、组成和功能均具有显著差异（P<0.05）,王企鹅肠道菌群具有最高的多样性,其次为帽带企鹅,巴布亚企鹅肠道菌群多样性最低。多种细菌在王企鹅的肠道菌群中出现特异性富集,包括类谷氨酸杆菌属（Paeniglutamicibacter）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、肉杆菌属（Carnobacterium）、狭义的梭菌属（Clostridiumsensu stricto 1）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、戈特沙尔克氏属（Gottschalkia）和蒂西耶氏菌属（Tissierella）;巴斯德氏菌属（Pasteurella）和鲸杆菌属（Cetob...     

白菜型油菜srb多室性状的遗传分析与分子鉴定

油菜多室角果是一种高产相关性状,本研究对桑日白油菜(srb)多室性状的遗传调控机制进行研究。性状分析表明,该突变体具有稳定的多室角果表型,单株多室角果比例为94.7%～100.0%,每角果平均3.5个心皮。遗传上srb突变体中的多室性状受1对隐性核基因控制。比较测序分析发现, srb中BrCLV3基因的CLE motif中存在一种新的单核苷酸突变(C/G),可导致其保守结构域的第12位组氨酸突变为天冬氨酸,将该位点命名为Brclv3Asp12。利用SNP标记进行分离群体的鉴定,证实Brclv3Asp12中的C/G单核苷酸变异与多室表型共分离。转基因互补测验和体外多肽的处理试验进一步证实,该材料中控制多室性状位点Brclv3_Asp12突变导致了CLV3多肽活性的减弱,是形成多室角果性状的原因。本研究初步阐明了白菜型油菜srb多室性状形成的机制。     

番茄/茄子嫁接对其根际土壤生物学性状及细菌群落结构的影响

以茄子作为砧木,番茄为接穗进行嫁接,并以番茄自根植株和茄子自根植株作为对照,基于传统及现代高通量测序技术分析根际土壤的生物学性状及细菌群落结构特征,旨在揭示嫁接植株抗性增强的机制。结果表明:番茄/茄子嫁接植株根际土壤中可培养细菌、放线菌数量,微生物生物量、酶活性和细菌丰富度、多样性指数均显著高于茄子和番茄自根植株;另一方面,norank_cAcidobacteria、硝化螺菌属(Nitrospira)、芽孢杆菌属(Bacillus)、norank_fGemmatimonadaceae、norank_oGaiellales、norank_fXanthobacteraceae、norank_oSC-I-84、norank_fAnaerolineaceae、norank_fNitrosomonadace...     

苹果花脸病田间病情发展及ASSVd在组培条件下的传播

为了明确苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)引起的苹果花脸病在田间的病情发展情况以及ASSVd在组培条件下的传播方式,2012—2015年对河北省顺平南神南村3个果园进行持续调查和检测。结果显示,果园A、B、C的显症率分别从3.00%、19.35%和10.00%上升至10.00%、34.41%和22.00%,带毒率分别从11.00%、20.43%和14.00%上升至23.00%、37.63%和30.00%,带毒率和显症率都逐年增加,而且带毒率大于显症率,即有些带毒果树不显症。发病果树田间分布有明显的发病中心。通过高通量测序发现显症果树ASSVd vsiRNA reads数是带毒未显症reads数的4.08倍,同时实时荧光定量PCR检测发现显症树ASSVd病毒积累量显著高于带毒未显症树。以携带ASSVd的组培苗和无毒组培苗为试材,利用RT-PCR检测明确了ASSVd可通过伤口沾染带毒汁液、组培剪污染、含毒培养基、根系接触进行传播,其中根系接触传染率较高。     

高通量测序发现河南开封、中牟西瓜病毒病由多种病毒复合侵染导致

调查发现河南省开封市祥符区和郑州市中牟县西瓜田病毒病严重发生,症状表现为叶片黄化、蕨叶、皱缩、卷曲,枝梢翘起,果实变小和瓜纹不清。为明确其病毒种类,通过小RNA测序及生物信息学分析发现采集的西瓜样本中存在8种病毒。其中包括5种已知病毒:小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)、甜瓜蚜传黄化病毒(Melon aphid-borne yellows virus, MABYV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mo-saic virus, CGMMV)和西瓜隐潜病毒(Citrullus lanatus cryptic virus, CiLCV);3种为新检出的RNA病毒:西瓜病毒A(Watermelon virus A, WVA)、西瓜皱叶相关病毒1号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 1, WCLaV-1)和西瓜皱叶相关病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associ...     

基于宏基因组分析菌渣微生物群落组成和功能多样性

为探究双孢菇菌渣发酵过程中微生物菌群组成变化和功能多样性,对双孢菇菌渣加猪粪混合堆肥的0、8 、16和20  d样品进行宏基因组测序,分析菌渣堆肥过程中微生物群落组成的变化并挖掘其功能基因。结果表明：（1）双孢菇菌渣有机肥发酵初期0  d时与发酵8 、16  和20  d时的微生物群落组成变化较大,同时在KEGG数据库中进行功能多样性分析和聚类分析发现0  d、8  d样本距离相对较近,16  d和20  d样本距离相对较近。（2）从不同时间段的菌渣有机肥中一共鉴定出28  257个种,其中发酵0 、8 、16  和20  d样本物种分别占物种总数的61.04%、85.35%、86.08%和85.40%。（3）自然发酵0  d时优势菌门为厚壁菌门,随着发酵时间的增加优势菌门逐渐变为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门等;芽孢杆菌科及类芽孢杆菌科在发酵过程中一直为关键菌科;优势菌种为热噬淀粉芽胞杆菌和嗜热芽孢杆菌。（4）菌渣发酵过程中功能基因主要位于碳水化合物代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢和辅因子和维生素的代谢途径;碳水化合物酶占比较多的为糖基转移酶和糖苷水解酶,最低为多糖裂解酶,分别占比为38.8%、38.1%和1.2%;丰度最高的3个抗性基因分别为多耐药性抗性基因、大环内酯抗性基因和四环素抗性基因。     

不同产地烤烟细菌群落组成与结构研究

为研究不同产地C2F等级烤烟表面细菌微生物的组成和结构,利用高通量测序技术测试了6个不同产地的C2F等级烤烟在醇化初期烟叶表面可培养细菌的组成和结构。结果表明：6个不同产地的烟叶样品表面分别检测到55、39、33、26、24和15个OTU,其中6个烟叶样品共同的OTU为6个。在属分类水平上,大部分烟叶表面可培养的优势细菌微生物是芽孢杆菌属（Bacillus）,部分烟叶表面活跃着肠杆菌属（Enterobacter）,伯克霍尔德菌属（Burkholderia）和罗尔斯通菌属（Ralstonia）。不同品种和产地的烤烟表面细菌结构具有明显差异,同一品种不同产地的烤烟表面细菌结构也存在明显差异。研究结果为利用细菌微生物醇化不同产区烟叶,提高烟叶品质、优化烟叶醇化流程提供理论依据。     

种植方式对银北盐碱地土壤微生物特性及油葵产量的影响

为了探究不同种植方式对土壤微生物特性与油葵产量的影响,本文连续3年在宁夏银川北部引黄灌区进行田间试验,研究平作侧播、平膜侧播、垄作沟播、垄膜沟播4种处理对土壤基本理化性质、酶活性、产量及细菌群落结构多样性的影响。结果表明:在整个生育期内,垄膜沟播处理与平作侧播处理相比土壤含水率、脲酶活性、碱性磷酸酶活性、蔗糖酶活性、过氧化氢酶活性分别提高了4.03%、83.76%、62.30%、106.82%、75.66%,全盐含量平均降低29.46%;同时,该处理产量比平作侧播、平膜侧播处理分别增加了22.55%、16.71%,差异达显著水平;基于Alpha多样性分析结果表明:平膜侧播处理油葵苗期的Chao1与ACE指数最高,而垄膜沟播处理现蕾期与收获期的Chao1与Shannon指数升高,有助于增加物种数量,提高菌群丰富度;变形菌门、厚壁菌门、放线菌门这3类细菌约占细菌总量的56.26%～77.78%,为优势菌群;相关耦合分析表明脲酶与厚壁菌门呈极显著负相关,而与绿弯菌门、疣微菌门、Patescibacteria菌门呈现显著或极显著正相关。因此,垄膜沟播模式能改善土壤环境状况,提高土壤细菌群落均匀...     

基于BSA-Seq技术挖掘大豆中黄622的多小叶基因

栽培大豆(Glycine max)叶片一般为三出复叶,也有个别品种或植株突变体产生4～7个小叶,为多小叶。复叶的形成使植物对外界环境的适应能力增强,对大豆多小叶相关基因的挖掘和研究有助于改善大豆农艺性状和产量表现。本研究从大豆栽培品种中品661的突变体库中鉴定出一个多小叶突变体——中黄622,每个复叶有4～9个小叶。利用该突变体与中品661配制组合,分别于北京和海南调查F₂和F_2:3植株叶片表型,结果表明,多小叶性状受1对不完全显性基因控制。采用BSA-seq方法进行定位,利用F2正常三出复叶和多小叶个体分别构建混池,测序结果与参考基因组平均比对效率为98.83%,平均覆盖深度为32.75×,基因组覆盖度为99.22%。ED方法关联分析发现,在11号染色体定位到2个区域,总长度为5.29 Mb,共包含1103个基因。根据SNP-index方法关联分析,当置信度为0.99时,在11号染色体鉴定出3个区域,总长度为3.42 Mb,共包含701个基因。2种关联分析方法同时定位的基因有690个,亲本之间存在SNP的基因有6个。本研究结果为大豆多小叶基...     

不同温度下TMV侵染枯斑三生烟的LncRNA差异表达

【目的】筛选不同温度下烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)侵染后枯斑三生烟(Nicotiana tabacum var. Samsun NN)差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),研究lncRNA在枯斑三生烟抗性反应中的作用。【方法】N基因的温度敏感性使枯斑三生烟在25℃时具备对TMV的抗性、在31℃抗性丧失,在这两个温度条件下对枯斑三生烟接种TMV和磷酸盐缓冲盐水(phosphate buffered saline,PBS),48 h后提取系统叶总RNA,构建链特异性文库后进行深度测序。对测序结果进行过滤后利用HTSeq将有效数据与近缘品种TN90(N. tabacum var. TN90)基因组比对,筛选得到lncRNA后利用FPKM法估计lncRNA的表达水平。通过edgeR筛选差异表达lncRNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA),并利用qRT-PCR技术对这一结果进行验证。通过共定位及共表达分析预测DElncRNA的靶基因,通过参考基因组注释、GO和KE...