中华大蟾蜍皮肤galectin-3 cDNA分子多样性及氨基酸变异分析

 以中华大蟾蜍Bufo gargarizans皮肤总核糖核酸（RNA）反转录第1链互补脱氧核糖核酸（cDNA）为模板,以聚合酶链式反应（PCR）扩增出galectin-3基因片段并通过TA克隆将其插入到pGM-T载体,通过DNA测序确定该基因片段序列,然后利用美国国家生物技术信息中心（NCBI）中ORF finder查找基因的全长开放阅读框（ORF）。筛选到9个编码galectin-3的cDNA序列,其中2个序列编码N-端截短型galectin-3（galectin-3C）。Clustal X2.0多序列比对和DnaSP 4.0分析cDNA序列的多样性。结果发现：中华大蟾蜍galectin-3C区域具有高密度的单核苷酸多态性（SNP）,频率为每20 bp为1个单核苷酸多态性。推导的氨基酸序列比对显示这9个基因在N端和糖识别结构域（CRD）有较高同源性,包括磷酸化位点、糖基结合位点和相关基序,而在串联重复区则存在较大差异。galectin-3基因及其编码蛋白的多样性很可能赋予中华大蟾蜍很强的环境适应能力。图3表1参24     

比较中华大蟾蜍不同个体间galectin-3 cDNA分子多样性

从中华大蟾蜍(Bufo gargarizans)某一个体的皮肤第一链cDNA中克隆到多个编码半乳糖凝聚素3(Gal-3)的cDNA。为分析该现象在中华大蟾蜍中的普遍性,分离并纯化3个不同个体的皮肤总RNA并合成其第一链cDNA,然后以此为模板,通过DNA聚合酶链式反应(PCR)扩增gal-3的开放阅读框序列。序列分析结果表明,从3个不同个体中均克隆到多个不同的gal-3 cDNA的ORF,在3组不同的试验中,出现完全相同的克隆或者完全相同的缺失以及相同的多核苷酸多态性位点,支持gal-3 cDNA多样性的客观存在,揭示gal-3cDNA的多样性是该物种的特征。     

猪日本乙型脑炎检测技术研究进展

猪日本乙型脑炎是由黄病毒科乙型脑炎病毒引起的一种人畜共患的病毒性传染病。人与多种动物均能感染,其中猪是主要的储存宿主和扩散宿主,猪感染该病毒后引发猪的繁殖障碍,使养猪业遭受重大经济损失,因此学者们一直在致力于寻找可以快速检测和诊断日本乙型脑炎的方法,为预防和治疗该病提供基础条件。文章对猪日本乙型脑炎检测技术,包括病毒分离鉴定方法、血清学方法、分子生物学方法等方面的研究进展进行了较为全面的综述。     

日本蟾蜍皮肤胸腺素α原cDNA的克隆及序列分析

为研究蟾酥、蟾衣、蟾皮中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）对日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤cDNA质粒文库进行了筛选,获得胸腺素原（prothymosin?鄄,ProT）全长cDNA序列,并对它们进行了生物信息学分析。日本蟾蜍ProT cDNA全长为1 480 bp,包括339 bp的完整开放阅读框（open reading frame,ORF）,5端125 bp及3端1 016 bp的非翻译区（untranslated region,UTR）。根据cDNA序列推导的日本蟾蜍ProT由112个氨基酸残基组成,无信号肽结构。氨基酸序列同源性分析显示,日本蟾蜍ProT与食用蛙Rana esculenta同源性为82%,与其他11种动物的同源性则介于54%～73%。ProT具有显著的抗肿瘤作用。分析日本蟾蜍ProT cDNA序列,可为研究其生物学功能和药物研发提供实验依据。图4参17     

MCL-1原核表达载体构建及重组蛋白表达

[目的]构建日本蟾蜍(Bufo japonicus formosus)髓细胞白血病基因-1(myeloid cell leukemia-1,mcl-1)的原核表达载体并诱导其重组蛋白表达。[方法]通过PCR方法扩增日本蟾蜍皮肤mcl-1开放阅读框,将其插入到原核表达载体pET-28b中。经菌落PCR、DNA限制性内切酶消化筛选阳性克隆,并通过DNA测序确定原核表达载体pET-28b-mcl-1构建成功。将pET-28b-mcl-1转入大肠杆菌(E.coli)感受态细胞BL21(DE3)中,用IPTG诱导表达,并用SDS-PAGE对重组蛋白的表达进行检测。[结果]原核表达载体pET-28b-mcl-1构建成功;重组蛋白在大肠杆菌中成功表达。[结论]原核表达载体的构建及重组蛋白的表达,为后续MCL-1的纯化、抗血清的制备及生理功能检测奠定了基础。     

中华大蟾蜍皮肤galectin-3cDNA分子多样性及氨基酸变异分析

以中华大蟾蜍Bzfo gargarizans皮肤总核糖核酸(RNA)反转录第1链互补脱氧核糖核酸(cDNA)为模板,以聚合酶链式反应(PCR)扩增出galec tin-3基因片段并通过TA克隆将其插入到pGM-T载体,通过DNA测序确定该基因片段序列,然后利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)中ORF finder查找基因的全长开放阅读框(ORF).筛选到9个编码galectin-3的cDNA序列,其中2个序列编码N-端截短型galectin-3(galectin-3C).Clustal X2.0多序列比对和DnaSP4.0分析cDNA序列的多样性.结果发现:中华大蟾蜍alectin-3C区域具有高密度的单核苷酸多态性(SNP),频率为每20 bp为1个单核苷酸多态性.推导的氨基酸序列比对显示这9个基因在N端和糖识别结构域(CRD)有较高同源性,包括磷酸化位点、糖基结合位点和相关基序,而在串联重复区则存在较大差异.galectin-3基因及其编码蛋白的多样性很可能赋予中华大蟾蜍很强的环境适应能力.     

日本蟾蜍皮肤claudin-4 cDNA的克隆与序列分析

为研究日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应（PCR）对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库进行筛选,克隆到2条claudin-4全长cDNA序列（GenBank登录号为JX481975和JX481976）,并对它们进行生物信息学分析。日本蟾蜍claudin-4的2条cDNA全长分别为1 707 bp和1 697 bp,开放阅读框均为630 bp,其中虽有5个碱基不同,但编码的209个氨基酸完全相同。两者的5端非翻译区域序列长度不同,前者为50 bp,后者为41 bp,3端非翻译区域则分别为1 027 bp和1 026 bp。氨基酸序列同源性分析显示,日本蟾蜍claudin-4与非洲爪蟾Xenopus laevis的同源性最高,为88％,与其他7种动物的同源性介于65%~72%。克隆到2条日本蟾蜍claudin-4基因的cDNA序列,为今后研究日本蟾蜍Claudin-4 生物学功能奠定了基础。图5参21     

中华大蟾蜍g a l e c t i n - 3c D N A的克隆、序列分析及原核表达载体的构建

通过PCR扩增出中华大蟾蜍Bufo gargarizans半乳糖凝聚素3(gal-3)cDNA全长开放读码框(ORF)并克隆至pGM-T载体,经DNA测序确定获得全长ORF序列(GenBank登录号为JN993733).序列分析表明中华大蟾蜍gal-3的ORF是由789个碱基组成,编码262个氨基酸残基组成的蛋白质.推导氨基酸序列同源性比较发现,中华大蟾蜍与非洲爪蟾Xenopus lavis同源性最高,为51%,与其他10种动物的同源性在41%～50%之间.SMART分析显示gal-3蛋白在136-259位氨基酸存在保守的半乳糖结合域.Net Phos预测gal-3在Ser-6和Ser-186有潜在的丝氨酸磷酸化位点.gal-3氨基酸序列构建的进化树符合传统动物分类学特点.经菌落PCR、双酶切和DNA测序确认gal-3的ORF正确插入原核表达载体pET-28b,表明原核表达用重组质粒构建成功,为研究其蛋白功能和生物学功能奠定了基础.