湛江湾海域夏季鱼类群落的完整性评价

鱼类群落结构及其完整性是渔业资源有效管理的重要组成部分。根据2008-2012年夏季(8月)湛江湾海域拖网渔业资源调查数据,本文通过单位捕捞努力量渔获量(CPUE)、种类相对重要性指数(IRI)、多样性指数分析了鱼类群落结构;在此基础上应用赋值法构建了鱼类完整性评价指数(F-IBI),以评价该鱼类群落的完整性和受干扰程度。结果表明:该海域共捕获鱼类103种,隶属于17目48科,以鲈形目种类数(58种)最多;质量渔获率、尾数渔获率依次为39.5~75.1 kg/h,1.0×103~1.8×104尾/h;优势种以裘氏小沙丁鱼(Sardinella jussieu)为主。鱼类种类丰富度指数(D)、Shannon-Wiener多样性指数(H')分别为3.34~5.03和2.80~3.28。2008-2012年CPUE均值为(16.11±5.13)kg/(kw·d),整个海湾的年均资源量约为(93.04±26.44)t。鱼类群落完整性分析表明,2008-2012年湛江湾鱼类群落受轻度干扰,鱼类群落完整性较好;2009、2010年湛江湾鱼类群落受干扰程度较重,其余年份较小。此外,2010-2012年鱼类个体平均体质量较2008-2009年降低了53.9%,一定程度上反映了鱼类个体的小型化。     

大黄鱼高温适应的转录组学分析

为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|2和FDR0.05,共检测到1 259条显著差异表达基因。其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达。随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠。进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。     

大黄鱼雌雄性腺长链非编码RNA的挖掘与差异分析

为探究长链非编码RNA在大黄鱼性腺发育与分化中的作用,从雌雄各3尾大黄鱼(Larimichthys crocea)的性腺中提取总RNA,进行去除rRNA的链特异性转录组建库和二代测序。将测序数据比对到大黄鱼参考基因组,经比对、组装共得到来自31675个基因的66088个转录本,严格筛选得到来自3984个基因位点的5162条lncRNA。进一步分析获得了在大黄鱼雌雄性腺中差异表达的mRNA9341个,lncRNA2782个,高度相关的lncRNA-mRNA对1227个;有多个lncRNA靶向已知的性别分化和发育相关基因,其中lncRNA MSTRG.24346与大黄鱼的性别决定候选基因dmrt1距离相近,且相关性极显著。该研究表明lncRNA可能在大黄鱼性别分化中起到重要作用,值得深入研究阐明机制。