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1.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献
2.
牙鲆微卫星标记的筛选及群体多态性分析   总被引:12,自引:2,他引:10  
以牙鲆(Paralichthys olivaceus Temminck et Schlegel)为材料,基因组DNA经Sau3A Ⅰ进行部分酶切后,选取400~1200bp大小的片段连接到经BamH Ⅰ酶切的pUC19质粒中,连接产物转化大肠杆菌DH5a,构建牙鲆酶切片段基因组文库。采用菌落杂交的方法,以(AC)10、(AG)10为探针从文库中筛选阳性克隆16个,共得到20个微卫星序列,其中完全型13个,不完全型5个,复合型2个。对其中18个进行引物设计,有11对引物扩增出目的片段,其中8对引物在群体中具有扩增多态性。在威海野生牙鲆30个个体中,各座位上得到的等位基因数为4~19个,观测杂合度(Ho)为0.4138~0.9655。其中有3对引物扩增的等位基因数超过17个,表现出高度多态性。本研究旨为进一步的牙鲆遗传多样性分析、家系分析及遗传图谱的构建等提供基础依据。  相似文献
3.
扇贝异源三倍体诱导   总被引:3,自引:1,他引:2  
荧光显微观察表明,20℃水温下,栉孔扇贝(Chlamysfarreri)的卵与海湾扇贝(Argopecten irradians)的精子可以正常受精和发育,具备人工诱导三倍体的可行性.亲贝充分促熟后,分开催产,以20:1的精卵比授精;在50%的受精卵排出第1极体时,以60mg/L 6-二甲基氨基嘌呤(6-DMAP)处理受精卵10~25 min,可诱导75.23%~92.14%的三倍体;6-DMAP处理15 min综合诱导效果最好,三倍体诱导率可达88.56%,孵化率可达53.52%.得到的三倍体幼虫经基因组原位杂交(Genomicin situ hybridization,GISH)验证,为含有2套栉孔扇贝染色体组和1套海湾扇贝染色体组的异源三倍体.孵化后诱导组与杂交对照组(未经6-DMAP处理)幼虫生长越来越缓慢,受精后14 d其幼虫存活率分别下降到0.000 67%和0.002 24%,没有幼虫度过附着变态期.GISH分析显示,栉孔扇贝与海湾扇贝不同倍性的杂种后代早在担轮幼虫阶段就出现母本偏向性染色体转变.  相似文献
4.
应用微卫星富集文库─菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记.用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N )捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库.利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA.富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆.任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点.利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个栉孔扇贝个体评价微卫星位点,分析表明37个位点具有多态性.不同的位点获得的等位基因数目为2~14个不等,37个多态性位点共获得258个等位基因,平均每个位点获得7.0个等位基因.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.1000~1.0000、0.1197~0.9831和0.1172~0.9782.结果表明,富集文库─菌落原位杂交法适合大规模筛选目标物种的微卫星标记.  相似文献
5.
在1994年山东地区对虾暴发性流行病研究中,在未检出杆状病毒的中国对虾样品中首次发现1种球形病毒,电镜下观察到该病毒外有囊膜,直径200nm左右,在细胞质中形成球形包涵体,以宿主肝胰腺和心脏为主要靶器官;受其感染的肝胰腺细胞的细胞器出现一系列病理变化:线粒体从增生、肿胀、内嵴溶解到出现纤维化,最后崩解;糙面内质网也明显增生、脱颗粒、排列紊乱,严重感染时,肿胀成泡状,甚至分解;细胞核出现病变较晚且较轻。人工感染实验证明该病毒可引起中国对虾暴发性流行病的症状,13d累积死亡率可达90%。  相似文献
6.
利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了健康仿刺参的体壁、肠和呼吸树的cDNA文库.检测结果表明,3个文库库容量分别为1.7×106、1.5×106和1.8×106;重组率均超过98%,插入片段平均长度均大于1 kb.证明所建cDNA文库的质量符合要求.对随机选取的6240个克隆进行5'端测序,得到5913条有效序列(体壁,2031,肠:1966,呼吸树:1916),去除低质量序列和小于100 bp的序列后,共得到5728条高质量的ESTs序列(体壁:1791,肠:1906,呼吸树:1851),序列平均长度为589 bp.经过软件拼接.共得到2613条单基因簇,包含495个序列重叠群和2118条单一序列.通过BLASTX搜索比对,获得基因注释序列853个(体壁:274个;肠:358个;呼吸树:221个),占总数32.6%,并进行了初步的功能分类.为进一步开展相关基因的克隆和分子标记的筛选莫定了基础.  相似文献
7.
vasa基因编码DEAD-box家族成员中一种ATP依赖的RNA解旋酶,在生殖系分化过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从刺参(Apostichopus japonicus)精巢中克隆得到vasa的全长cDNA序列。该cDNA序列全长2167bp,开放阅读框1593bp,编码530个氨基酸,具有DEAD-box家族蛋白的全部9个保守域。经同源比对和系统进化分析,确定其属于DEAD-box家族的VASA亚家族成员。利用半定量RT-PCR检测,vasa mRNA专一性的在刺参性腺中表达,据此,刺参vasa基因有望用于其生殖系起源和分化的研究。[中国水产科学,2008,15(3):407-413]  相似文献
8.
正RAD测序技术是利用限制性内切酶消化降低基因组的复杂度,对特定的酶切片段进行高通量测序,实现基因分型的技术。RAD测序技术操作简便,能够不依赖参考基因组序列进行大规模SNP位点的开发,成为非模式生物尤其是水生生物最为有效、经济的SNP开发方法,RAD测序技术已经应用于群体进化、遗传图谱构建、QTL定位、性状关联和系统发生分析等研究领域,提供了解析重要的复杂性状分子机制的有效途径。与此同时,在RAD测序基础上发展起来了多种新型的RAD测序技术为  相似文献
9.
我国扇贝养殖规模占世界首位,栉孔扇贝( Chlamys farreri ) 、华贵栉孔扇贝( Chlamys nobilis ) 、虾夷扇贝( Patinopecten yessoensis) 和海湾扇贝( Argopecten irradians ) 是4 种主要养殖扇贝种类。本文主要概述我国4种主要养殖扇贝微卫星标记开发现状以及在遗传多样性分析、遗传图谱构建、物种鉴定等方面取得的研究成果和应用进展,为微卫星标记在扇贝类遗传学研究提供基础资料。  相似文献
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