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1.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献
2.
仿刺参的微卫星标记   总被引:6,自引:1,他引:5       下载免费PDF全文
战爱斌 《水产学报》2006,30(3):341-346
根据1997-2000年东海23°30′~33°00′N、118°30′~128°00′E海域4个季节海洋调查资料,探讨了东海糠虾类的数量波动、相应的动力学过程及与渔场的关系。结果表明:东海糠虾类秋季丰度最高,均值为10ind.10-2m-3,春季次之(5ind.10-2m-3),夏季最低(1ind.10-2m-3);春季的漂浮囊糠虾(Gastrosaccus pelagicus)、夏季的极小假近糠虾(Pseudanchialina pusilla)、秋季的四刺端糠虾(Doxomysis quadrispinosa)和冬季的中华节糠虾(Siriellasinensis)对糠虾类总丰度变化的贡献较大。冬夏季不同优势种间对总丰度的贡献值较为接近,春秋季则有明显的差异。糠虾类春季和4季总丰度与底层水温线性相关;冬夏季与底层盐度相关;秋季与表层水温和10m层水温相关。东海糠虾类的数量波动,与东海沿岸河流的径流量,特别是长江径流势力消长有密切的联系,也与东海暖流势力从夏季到秋季维持一段时间有密切的关系。秋季糠虾类高分布区出现,对东海北部外海鲐鱼渔场和闽南-台湾浅滩渔场的形成有重要的意义。  相似文献
3.
应用微卫星富集文库─菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记.用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N )捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库.利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA.富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆.任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点.利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个栉孔扇贝个体评价微卫星位点,分析表明37个位点具有多态性.不同的位点获得的等位基因数目为2~14个不等,37个多态性位点共获得258个等位基因,平均每个位点获得7.0个等位基因.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态性信息含量值(PIC)的范围分别为0.1000~1.0000、0.1197~0.9831和0.1172~0.9782.结果表明,富集文库─菌落原位杂交法适合大规模筛选目标物种的微卫星标记.  相似文献
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