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1.
应用DGGE分析三疣梭子蟹养殖塘底泥细菌的多样   总被引:10,自引:0,他引:10       下载免费PDF全文
钱丽君  张德民 《水产学报》2007,31(2):204-210
将传统的菌落菌体形态分类方法与分子生物学方法相结合研究了三疣梭子蟹养殖塘底泥中一个细菌类群的多样性。首先采用平板稀释法对三疣梭子蟹养殖塘底泥中的细菌进行分离与纯化,根据各菌株的菌落形态特征初步将118株分离物分为8个类群,其中最大的一个类群的菌落基本特征为圆形、边缘整齐、表面凸起、菌落有光泽,对该类群的细菌多样性分析表明,通过芽孢染色可将产芽孢菌和不产芽孢菌区分开,不产芽孢菌根据其菌体形态又分为3个亚群,其中卵圆形细菌是最大的一个亚群,共有16株。应用PCR-DGGE方法对该类群进行菌株的遗传多样性分析。结果表明,卵圆形类群16株细菌中就有11株不同系统发育型的细菌。最后,将这11株细菌进行了16S rDNA部分序列(约750 bp)的测定,并做系统发育学分析,结果显示,这些细菌的系统发育学地位相距很远,分属于γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria和 Firmicutes等类群。试验结果表明,以菌落特征的差异来挑选不同的菌株作为分析细菌多样性的第一个筛选步骤,会大大低估可培养异养细菌的多样性。  相似文献
2.
光合细菌及其在水产养殖上的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
一、光合细菌概述 光合细菌(Photosynthetic Bacteria简称PSB)或称光养细菌,是光合成原核生物的一类,为一群能在厌氧光照或好氧黑暗条件下利用有机物作供氧体兼碳源,进行不放氧光合作用的细菌,这与藻类、蓝细菌及高等绿色植物的光合作用是不同的.它分布广泛,几乎遍布于土壤、泥炭、沼泽、淡水、海水、水生植物根系,甚至在高达90℃的温泉、冰天雪地的南极海岸以及含30%盐的水体中也能找到它的踪迹.  相似文献
3.
健康和患病凡纳滨对虾幼虾消化道菌群结构的比较   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
凡纳滨对虾养殖过程中,早期阶段是病害易感阶段,而消化道菌群结构与对虾健康关系密切.因此,探讨幼虾的消化道菌群尤其是弧菌类细菌与对虾发病的关系对病害有效防治具有重要意义.本实验采用Illumina测序研究了凡纳滨对虾健康和患病幼虾的消化道细菌群落结构,并基于纯培养和16S rDNA,recA和pyrH基因序列比对,分析了幼虾消化道中弧菌的主要种类组成.结果发现,健康幼虾消化道中洳变形菌纲和厚壁菌门丰度较高,而患病幼虾中γ-变形菌纲、拟杆菌门、放线菌门和β-变形菌纲较高,其中放线菌门丰度差异显著.基于科水平的响应比分析,发现患病幼虾消化道中动性球菌科和噬菌弧菌科的丰度显著降低,而弧菌科的丰度显著升高.相似度分析发现,驱动群落变异的OTU主要来源于弧菌属、海洋杆状菌属、冷杆菌属、假交替单胞菌属以及未分类至属的红杆菌科和微杆菌科.健康幼虾消化道弧菌组成以锡那罗亚州弧菌为主,而患病幼虾消化道弧菌组成以坎氏弧菌为主.尽管健康和患病幼虾消化道内细菌群落结构整体差异不显著,但一些重要类群丰度变化显著,其特征与已知的生态功能一致.  相似文献
4.
溶藻弧菌相关分离株的分子及VITEK鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
哈维群弧菌是弧菌属的核心菌群,包括溶藻弧菌在内的6个种在表型和遗传型上均十分相似,要准确鉴定各种有一定难度。看家基因的研究及生化鉴定系统的出现为弧菌鉴定提供了多种方法,本文比较了16S rRNA基因、toxR基因和pyrH基因以及VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡对溶藻弧菌相关分离株的分辨力。哈维群弧菌基因组内16S rRNA基因是多拷贝的,且拷贝间序列差异大于种间差异,不适用于种的鉴定。单拷贝基因toxR和pyrH序列种内差异均小于种间差异。基于toxR基因相似性比较可清楚地将18个疑似溶藻弧菌分离株和5个参比株归并到4个种;toxR基因系统发育学分析也显示,哈维群弧菌各种独立地聚类分支,且溶藻弧菌种内存在两个明显的聚类分支,说明两个分支的溶藻弧菌具有独立的进化方向。pyrH基因的相似性比较和发育学分析也得到类似的结果,但pyrH基因具有较强的保守性,因而分辨力稍低于toxR基因。VITEK 2 COMPACT GN鉴定卡在鉴定溶藻弧菌时也有一定的错误率,且鉴定谱较窄。因此,建议在实际应用中采用toxR基因比对作为溶藻弧菌快速鉴定的主要手段,可再选用pyrH基因对鉴定结果进行验证。  相似文献
5.
为探讨广泛存在于近海环境中海洋弧菌和贝类附着的相互作用关系,实验从自然微生物被膜和厚壳贻贝成体肠道内分离了海洋弧菌,测定其种属及亲缘性,调查了这些不同来源弧菌形成的微生物被膜与厚壳贻贝稚贝附着的调控作用.结果显示,测试弧菌形成的微生物被膜密度随着初始细菌密度的增加呈现不同程度的增加.源于自然微生物被膜和贻贝肠道内的10株弧菌均能显著促进厚壳贻贝稚贝的附着,不同菌株形成微生物被膜的诱导活性存在显著差异,附着率变化范围为17%~67%,其中稚贝在Vibrio sp.17微生物被膜上的附着率为67%±2%.微生物被膜对稚贝附着诱导活性与被膜密度呈显著相关性,其中弧菌V.crassostreae ECSMB14106的相关性系数最高,为0.8992.此外,微生物被膜的诱导活性与弧菌的来源无关.本实验初步探明了海洋弧菌对厚壳贻贝稚贝附着的影响,有助于进一步理解微生物被膜调控厚壳贻贝的附着分子机理.  相似文献
6.
为探究不同营养类型养殖方式对半封闭海湾浮游生态系统的影响,于2015年在象山港的鱼类网箱养殖、牡蛎筏式养殖和海带筏式养殖3种养殖区内外分别进行大、中型和中、小型浮游动物群落及相关环境因子的四季研究.结果显示,牡蛎养殖区内大、中型浮游动物群落结构变化明显,夏、秋季优势种太平洋纺锤水蚤的优势度下降,冬季优势种腹针胸刺水蚤的优势度上升;网箱养殖区内浮游动物群落变化不明显,变化主要为大、中型浮游动物优势种,春、冬季腹针胸刺水蚤的优势度下降,秋季优势种种类组成变化明显;海带养殖区内浮游动物群落和优势种变化均不明显.此外,3种养殖方式对浮游动物的生物量、丰度和α多样性均未产生明显影响.结合象山港的水文特征和养殖区内外的环境因子,研究表明,牡蛎养殖区浮游动物群落变化是牡蛎滤食行为和铁港水交换能力差的综合结果,而浮游动物优势种变化可能与水体总磷含量较高有关;因目前网箱养殖规模小且西沪港水动力条件较好,网箱区内局部环境和浮游动物的变化较小;海带养殖因面积小且仅春、冬季养殖,不足以对水质和浮游动物产生影响.此外,本研究显示不同环境中,大、中型浮游动物群落结构的变异较中、小型浮游动物明显,这可能与中、小型浮游动物群落的稳定性较高有关.  相似文献
7.
为了研究饥饿及恢复摄食对花鲈肠道壁及内容物微生物菌群的影响,实验运用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析了花鲈经2周饥饿,恢复喂食1周和恢复喂食2周后肠道壁及其内容物菌群特征及多样性的变化.结果显示:饥饿会导致花鲈肠道壁细菌群落发生明显变化,引起差异的主要细菌为T-RFs 496、437、450、155 bp等所代表菌;经2周饥饿,肠壁T-RF 496 bp大肠杆菌(Escherichia)相对丰度从实验开始的43.11%±3.95% (C0肠壁组)下降为21.25%±9.97% (S2R0肠壁组),细菌多样性指数H'、E'和1/D均增大;恢复喂食2周后,肠道壁菌群结构逐渐恢复,T-RF496 bp大肠杆菌的相对丰度逐渐上升到55.49%±8.37% (S2R2组),3个多样性指数均减小至原有水平;花鲈肠道壁和内容物的菌群有较大不同,但是两者的主要细菌类群都是变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中,γ-变形菌纲是花鲈肠道的最主要细菌群.本研究为进一步阐述消化道微生物功能奠定了基础,也为海水鱼类肠道菌群研究提供基础数据.  相似文献
8.
为探讨微生物被膜生物学特性、培养基以及大型生物附着三者之间的相互关系,本实验通过微生物分子生态学和海洋贝类生态学等方法调查了不同培养基对海洋细菌所形成微生物被膜的影响及其对厚壳贻贝幼虫附着的影响.结果显示,厚壳贻贝稚贝率与培养基类型和细菌初始密度显著相关,进一步分析表明,ZoBel12216E和Seawater Luriabertani (SWLB)条件下分别有6株和9株细菌形成的微生物被膜密度与稚贝率显著相关.扫描电镜结果显示,Staphylococcus sp.3在ZoBell 2216E培养基条件下形成微生物被膜的细菌分布较为紧密,Pseudoalteromonas sp.8则在SWLB培养基条件下微生物被膜细菌分布较为紧密,且形态变为短杆状.SDS-PAGE结果显示,相比ZoBell 2216E培养基,Staphylococcus sp.3在SWLB培养基条件下9条条带蛋白显著下降,其中2个条带完全消失;Pseudoalteromonas sp.8则在SWLB培养基条件下明显增加5条蛋白条带.研究表明,微生物被膜的形成受到培养基的影响,培养基的不同导致微生物被膜的形态结构、分布和蛋白有所差异,最终导致微生物被膜诱导厚壳贻贝幼虫附着变态的活性差异,本研究为后续开展厚壳贻贝附着的分子机制奠定良好基础.  相似文献
9.
采用菌落菌体形态观察和16SrDNA序列比对的方法,对三疣梭子蟹养殖健康塘和病害塘表层底泥中的异养细菌进行了比较研究。分离得到的255株细菌可分为13个菌落类群,33个菌体亚群。对占异养细菌总数34.5%的两个优势亚群(A-NS-SpR亚群,不产芽孢的球杆状菌;B-SF-SR亚群,产芽孢的短杆状菌)的16SrDNA序列分析结果表明,A-NS-SpR亚群属于变形菌门中的2个纲3个科8个属约12个种,其中Halomonas ventosae和Donghicola eburneus两个种数量最多,占该亚群菌株的59.1%。B-SF-SR亚群属于厚壁菌门芽孢菌纲的3个科4个属约12个种,其中Bacillus decolorationis和Halobacillus trueperi两个种数量最多,占该亚群菌株总数的60.6%。从属的水平上讲,Bacillus和Halomonas是优势属。A-NS-SpR亚群在健康塘中的丰度(菌株数量)明显高于病害塘,但多样性(种属数量)差别较小,其中Rhodobacteraceae科在两个塘中的数量差别最大。与此相反,B-SF-SR亚群在健康塘和病害塘中的丰度相当,但健康塘的多样性明显...  相似文献
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