大豆LEA基因家族全基因组鉴定、分类和表达

 【目的】鉴定大豆全基因组中的LEA家族基因，对其进行定位、分类以及组织表达分析，为植物LEA基因的功能研究与利用提供基础。【方法】利用大豆基因组数据库，通过生物信息学手段，鉴定并获得大豆LEA家族基因的全序列、定位和拷贝数信息；通过序列比对进行进化和分类分析；利用大豆发育表达芯片数据、NCBI中UniGene的EST表达数据进行组织表达谱分析。【结果】系统地分析鉴定了36个大豆的LEA家族基因，根据结构域的差异和系统发育分析将这些LEA基因分成8个亚家族。基因定位分析结果表明，这些基因分布于大豆的16条染色体上，启动子分析表明，几乎全部LEA基因的启动子区含有逆境反应顺式作用元件。各个发育阶段表达谱的分析结果表明，多数成员至少在一个组织中表达，10个差异表达的基因中有5个在种子发育时期优势表达，另外5个在其它部位优势表达。【结论】通过全基因组扫描，获得大豆基因组的36个LEA家族基因，它们分属于8个不同的亚家族，分布于16条大豆染色体上，启动子区含有逆境相关顺式作用元件，基因表达具有一定特异性。