海南地方猪内源性反转录病毒的检测分析

为了解猪内源性反转录病毒(Porcine endogenous retrovirus, PERV)在海南地方猪种五指山猪和海南猪基因组中的存在状况。试验利用猪内源性反转录病毒特异性引物对这两种猪的基因组进行PCR检测。结果显示:PERV普遍存在于海南地方猪基因组中,其中在五指山猪中PERV-A、PERV-B、PERV-C存在率分别是100%、100%、20.69%;在海南猪中PERV-A、PERV-B、PERV-C存在率分别是100%、100%、25.49%。该研究为海南地方猪的开发、利用及其病毒安全性评价奠定了基础。     

基于RNA–Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3'端发生了延伸,4 147、4 160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。     

瑞典·荷兰有机农业及其对我国海南农业发展的借鉴作用

在对瑞典、荷兰有机农业发展情况进行实地考察的基础上,总结了瑞典、荷兰有机农业的发展经验,对海南发展有机农业提出了建议:提高农民发展有机农业的思想意识;完善法律法规的制约作用;加强龙头企业的领航作用;鼓励农业科研人员的积极参与;发挥政府的引导作用。     

饲粮中添加玉米酒糟蛋白对五指山中猪生长性能和血清生化指标的影响

选择48头体重约13 kg的五指山中猪,随机分为3组,对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,15% DDGS组、20% DDGS组DDGS（玉米酒糟蛋白）使用量分别为15%、20%,进行为期30 d的饲养试验。结果表明,与对照组相比,15%DDGS组增重、日增重和料重比差异不显著（P〉0.05）。20% DDGS组与对照组相比增重显著降低（P〈0.05）,日增重极显著降低（P〈0.01）,料重比极显著升高（P〈0.01）。每千克增重所需的饲料成本分别为对照组12.04元、15%DDGS组10.74元、20% DDGS组11.41元。各组间血清生化指标均在正常范围内。在本试验条件下,五指山中猪饲料中可推荐添加15% DDGS。     

海南地方猪IGFBP6基因多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对五指山猪、海南地方猪2个品系(临高猪、屯昌猪)等猪种的IGFBP6基因的多态性进行研究。结果表明,引物P1和P2的PCR片断SSCP分析表现有多态性,且出现3种基因型。随后的测序结果表明,它们都在相应的区域存在着变异;引物P1在海南地方猪种大多表现BB基因型和以B等位基因为主,引物P2大多表现CC基因型和以C等位基因为主。SPSS软件分析五指山猪IGFBP6基因多态性与其3个生长阶段的关联程度,结果发现,引物P1 AA基因型和引物P2 DD基因型的猪个体在2月龄、8月龄、12月龄的生长体重高于其它基因型,但个体差异均不显著(P0.05)。     

复合酪酸芽孢杆菌对木薯渣发酵品质的影响

为研究复合酪酸芽孢杆菌对新鲜木薯渣发酵品质的影响,试验设4个处理组,其中1个处理组为对照组,由70%鲜湿木薯渣、10%米糠、18%麦麸、2%硫酸铵组成,不接种菌种直接装入发酵罐密封,而另外3个处理组分别为试验1、试验2和试验3组,鲜湿木薯渣、麦麸、硫酸铵的用量与对照组相同,但添加不同比例的复合酪酸芽孢杆菌,复合酪酸芽孢杆菌的接种量分别为1000、2000、3000m L/t。菌种接入后,充分混合均匀,然后装入发酵罐密封,发酵30天后4个处理组分别采样测定相关指标。结果表明:复合酪酸芽孢杆菌可以提升木薯渣的发酵香味(P0.05),显著提高发酵木薯渣的粗蛋白质、粗脂肪和乳酸的含量(P0.05),显著降低发酵木薯渣的干物质、中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维和钙含量和p H(P0.05)且以试验3组的粗蛋白质和粗脂肪含量最高,结果最好。综合认为,复合酪酸芽孢杆菌以添加量3000m L/t时,发酵木薯渣的粗蛋白质和粗脂肪最高,建议生产中添加使用。     

海南猪遗传资源保护利用现状、问题和对策分析

种质资源是打好种业翻身仗的基础。海南地处热带和亚热带,是我国最大的热带省份,在独特的自然、地理、生态和社会条件下,形成许多适应当地条件和需要的畜禽品种资源或类型,是我国畜禽遗传资源库中的宝贵财富。海南猪（Hainan pig）原产于海南岛北半部及东、西部沿海地区,分为定安猪、屯昌猪、临高猪和文昌猪四个类群,定安猪是其中群体数量最大的类群。在世界范围内畜禽遗传资源匮乏的今天,这些特殊的资源相当珍贵。只有了解并储备足够的遗传资源,通过科学的手段,对这些具有特色的畜禽资源进行充分的开发利用研究,才能够适应未来畜禽市场多变的需求,确保畜牧业的可持续发展。     

五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析

旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA：PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36 961 902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16 729 364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2 073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。     

氟烷敏感基因在海南地方猪中的检测分析

猪氟烷基因（Halothane,HAL）又被称为氟烷敏感基因或兰尼定受体基因,是控制猪应激综合征（porcine stress syndrome, PSS）的一个主效基因[1]。PSS是一种遗传缺陷病,主要是由猪兰尼定受体基因突变造成的。该基因位于猪6号染色体上,当其cDNA中第1843个碱基由C突变为T时,会使受体蛋白第615位的精氨酸突变为半胱氨酸[2]。兰尼定受体是骨骼肌细胞内肌浆网上控制钙离子进出肌纤维的通道,应激敏感猪的基因突变改变了兰尼定受体结构,使该通道失常,表现出通道的关闭及泵的作用受到抑制。当受到某些环境因素刺激后,会造成大量钙离子析出,引起电解质代谢紊乱,析出的钙离子会激活过量的糖原酵解,引起肌肉pH的异常变化,从而产生劣质肉。     

鸡HSP90AA1基因SNP检测及启动子区CpG岛的甲基化研究

试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。