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1.
为丰富甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)种群信息,探索SCMV种群结构,本研究运用RT-PCR方法克隆了采自福州的2个SCMV分离物(分别命名为FZ-C1和FZ-C2)的全基因组,结合已公布的18个SCMV分离物的全基因组序列,利用MEGA 4.1和Simplot软件对SCMV的种群结构进行了分析。结果显示,FZ-C1和FZ-C2全长分别为9 570nt和9 573 nt,均包含一个9 189 nt的开放阅读框,编码长度为3 063个氨基酸的多聚蛋白。这2个分离物与SCM V-A株系的相似性最高,酶切位点也与SCMV-A株系的基本一致。系统发育进化分析表明,SCMV可以分为3组,分别命名为SSGⅠ、Ⅱ、Ⅲ。SSGⅠ来源于玉米(Zea mays),SSGⅡ和SSGⅢ来源于甘蔗(Saccharum spp.hybrid),其中SSGⅢ主要来源于果蔗。FZ分离物聚在SSGⅡ组内。研究结果丰富了SCMV全基因组序列信息,有助于全面了解SCMV种群的遗传进化关系。  相似文献   
2.
甘蔗黄叶病毒外壳蛋白基因克隆及其实时荧光RT-PCR检测   总被引:1,自引:0,他引:1  
 甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus, SCYLV)引起的甘蔗黄叶病是一种新的全球性病毒病害。本文以YLSCPF1和YLSCPR591为引物,采用RT-PCR方法克隆了甘蔗黄叶病毒福建分离物(CHN-FJ1)外壳蛋白(CP)基因,编码196个氨基酸。分析不同地理来源的SCYLV病毒分离物cp基因核苷酸及其推导编码的氨基酸序列,同源性达95%以上。根据cp基因的保守序列,设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立了SCYLV的TaqMan实时荧光RT-PCR方法。结果表明,检测下限为初始质粒模板DNA 1 000拷贝/μL(约3.61 fg/μL),比常规PCR方法的灵敏度提高100倍。检测甘蔗花叶病毒、宿根矮化病菌和黑穗病菌,没有典型的扩增曲线和无Ct值。应用实时荧光RT-PCR、常规RT-PCR和组织印迹免疫杂交(TBIA)对田间甘蔗叶片样品进行检测,阳性检出率分别为100%、61.5%和69.2%,表明该方法比常规RT-PCR和TBIA具有更高的灵敏度,适合于对SCYLV的检测。  相似文献   
3.
甘蔗R2R3-MYB类似基因Sc2RMyb1的克隆及表达特性分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
R2R3-MYB是MYB转录因子基因家族的主要成员,已被证明在次生代谢和非生物逆境胁迫应答中起重要作用。为获得甘蔗(Saccharum complex)R2R3-MYB转录因子基因序列信息及其在不同非生物因子胁迫下的表达情况,本研究通过对甘蔗EST数据的分析,运用电子克隆获得一个甘蔗R2R3-MYB类似基因序列,进而采用PCR方法从甘蔗中克隆了该基因的基因组DNA和cDNA序列,基因命名为Sc2RMyb1(GenBank序列号:JQ823165)。Sc2RMyb1的基因组DNA全长1807bp,由3个外显子和2个内含子构成,编码区长度为1284bp,编码427个氨基酸。构建含有Sc2RMyb1基因的原核表达载体并转入大肠杆菌(Escherichia coli),经IPTG诱导产生的重组蛋白相对分子量约为52kD。在NaCl胁迫的LB培养基上,重组菌生长明显优于对照菌。实时荧光定量PCR分析表明,甘蔗中Sc2RMyb1基因的表达受H2O2和NaCl抑制而下调,推测该基因作为负调节因子参与了NaCl胁迫应答相关基因的调控过程。本研究结果为后续该类转录因子基因在甘蔗抗逆相关机理研究和抗逆育种中的应用提供了基础资料。  相似文献   
4.
甘蔗基因表达定量PCR分析中内参基因的选择   总被引:8,自引:0,他引:8  
以甘蔗接种黑穗病菌后0、6、12、24、48、60和72 h时间点的材料为研究对象,应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR Real-time qPCR)技术,探讨25S rRNA、GAPDH、β-actin和β-tubulin4个内参基因mRNA水平的表达情况.经geNorm程序统计学分析,4种内参基因的表达稳定性各异,25S rRNA>GAPDH>β-actin>-tubulin,其中以25S rRNA表达稳定性最好,且根据该基因设计的两对定量PCR引物都是可行的.同时,甘蔗PPO基因表达特性的定量PCR分析也显示,甘蔗PPO基因与植物的抗病性相关.结果显示,研究中所筛选的内参基因是合适的.  相似文献   
5.
6.
为了解甘蔗抗黑穗病的分子机制,利用斑茅干旱胁迫cDNA芯片检测了甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达。经杂交,在cDNA芯片的3 860个模板中,有效差异表达(Ratio值≥2.0或≤0.5)的基因为101个,其中上调55个,下调46个。部分基因的定量PCR验证表明,芯片杂交结果可靠。上调表达基因经测序、冗余序列剔除,一共获得36个unique ESTs。已知功能的22个上调表达基因,涉及多条生理代谢途径,如光合作用、离子转运和核酸代谢途径;以及多种分子水平的进程,如基因转录、蛋白质合成与修饰以及细胞信号转导等。另外,还检测到14个未知功能基因。结果表明,甘蔗对黑穗病的抗性具有复杂的机制。本研究为解释甘蔗受黑穗病菌胁迫后的基因差异表达及其网络构建奠定了基础,还可以为今后系统研究甘蔗对生物与非生物胁迫的响应机制提供技术支持。  相似文献   
7.
利用MPCR技术快速检测进口大豆转基因背景   总被引:4,自引:0,他引:4  
利用改良的CATB方法提取大豆(Glycine max)种子基因组DNA。以大豆内源ScII基因做对照,采用MPCR(Multiplex Polymerase Chain Reaction,MPCR)技术从进口大豆中检测出35S启动子、NOS终止子和EPSPS耐除草剂基因3种转基因成分。  相似文献   
8.
基因芯片技术及其在农业上的应用   总被引:6,自引:1,他引:5  
基因芯片技术是近年来在生命科学技术领域中迅速发展起来的一项高新技术 .本文综述了基因芯片的产生背景、概念、原理、分类和制作方法 ,并展望了其在农业上的应用前景  相似文献   
9.
为探索甘蔗条纹花叶病毒与甘蔗的互作机制,利用酵母双杂交技术筛选与SCSMV互作的甘蔗因子基因,利用PCR技术克隆了SCSMV的HC-Pro、P3N-PIPO、CP和VPg的编码区,构建到酵母双杂交诱饵载体p GBKT7上,获得了p GBKT7-HC-Pro、p GBKT7-P3N-PIPO、p GBKT7-CP和p GBKT7-VPg 4个诱饵载体。结果显示,将重组质粒转化酵母Y2HGold酵母菌株后,酵母菌株在SD/-Trp平板上生长良好,表明重组诱饵质粒表达产物对酵母细胞无毒性;在SD/-Trp/X-α-gal平板上长出白色菌落未变蓝,在SD/-Leu、SD/-Trp/-Ade、SD/-Trp/-His和SD/-Trp/X-α-gal/Ab A平板上不能生长,表明重组诱饵质粒表达产物对MEL1、ADE2、HIS3和AUR1-C报告基因无自激活作用。构建的诱饵表达载体可以作为诱饵用于文库筛选,为探索SCSMV侵染机制和发病机理奠定了基础。  相似文献   
10.
电镜观察表明,感病甘蔗叶片的韧皮部伴胞内存在着大量类似甘蔗黄叶病毒(SCYLV)的病毒粒子;利用RT-PCR扩增出556 bp的目的片段,氨基酸和核苷酸序列分析表明,该片段是SCYLV外壳蛋白基因的一部分,与其他国家SCYLV分离物同源性达95%以上;应用组织印迹杂交免疫检测技术,在YLS病症的叶片中脉韧皮部出现紫红色斑块,呈阳性反应。综合分析认为福州地区甘蔗黄叶病的病原体为SCYLV。  相似文献   
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