利用支持向量机识别miRNA成熟链

【目的】开发一个用于从pre-miRNA上识别其成熟链的miRNA预测程序miR-SVM。【方法】利用支持向量机工具,将pre-miRNA的序列结构特征作为支持向量机工具——LibSVM的输入向量,经Grid程序优化参数后,开发出一个可靠的miRNA成熟链预测程序miR-SVM。【结果】检测结果表明,在miR-SVM人数据集上得到程序的敏感性和特异性分别为83.7%和81.2%。通过杂交验证,获得ROC曲线下的面积约为87.71%,表明研究提出的序列结构特征可以有效地预测pre-miRNA成熟链。此外,用人数据训练出来的miR-SVM程序对其他20个物种的pre-miRNA成熟链进行预测,结果正确识别率为89.2%。【结论】研究开发的miR-SVM程序,成功地预测了pre-miRNA成熟链,检验结果表明,该程序具有良好的推广性,可用于miRNA试验过程中的前期预测分析。     

动物细胞大规模培养技术研究进展

利用动物细胞大规模培养技术可生产多种生物制品,为提高细胞活力和细胞生长密度,采用有多种添加成分的无血清培养基培养细胞,选择既有利于细胞生长又可提高培养细胞密度的微载体和条件温和、易操作、气体交换速度快的生物反应器,在线监控细胞生存环境和生理活动,减少培养过程中培养基的抑制因素,从而给细胞提供更好的生存环境;另外通过向细胞中导入抗凋亡基因,可减缓细胞凋亡的发生,提高细胞活性和蛋白产量;此外,在动物细胞大规模培养过程中,利用多孔微载体能高效、大量地增殖细胞,具有良好的应用前景.     

谷胱甘肽硫转移酶与hEGF在大肠杆菌中的融合表达及活性研究

为了得到具有生物学活性的人表皮生长因子(hEGF),将含有人表皮生长因子基因的原核表达载体pGEX-4t-1(+)-hEGF转化入BL21-CodonPlusTM-RP表达宿主菌进行大量表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白主要以包涵体的形式存在。收集包涵体,用氧化复性的方法,加入还原型的谷胱甘肽进行复性,之后通过GlutathioneSepharoseTM4B纯化柱,分离纯化得到复性的融合蛋白。以兔抗人EGF单克隆抗体为一抗,进行Western blotting鉴定,证明分离纯化得到的融合蛋白含有目的蛋白hEGF。最后对复性的融合蛋白进行了活性分析,表明该融合蛋白具有良好的hEGF生物学活性。     

人表皮生长因子的基因克隆与原核表达

采用RT-PCR方法从人胎盘组织中扩增出hEGF基因,将其分别连入表达载体pGEX-4t-1(+)和pGEX-6p-1(+)质粒中,并转化入BL21-CodonplusTM中,解决了大肠杆菌密码子偏爱性问题,不需附加程序就可以编码稀有密码子的重组基因。SDS-PAGE结果证明,pGEX-4t-1(+)-hEGF和pGEX-6p-1(+)-hEGF分别在大肠杆菌BL21(DE3)-CodonplusTM-RP和BL21(DE3)-CodonplusTM-RIL中获得高效表达,目的蛋白占总菌体蛋白的30%左右。     

丙烷脒对番茄灰霉病菌生长发育的影响

利用电子显微技术研究了丙烷脒在活体植物上对番茄灰霉病菌Botrytis cinerea Pers.生长发育的影响。结果表明:丙烷脒对番茄灰霉病菌的生长发育有明显影响,但不同时期施药,表现出一定的差异性。扫描电镜观察发现,在先施药后接菌的情况下,番茄灰霉病菌产孢量显著下降,并且所产孢子表现出凹陷、变形等不良发育状况;在先接菌后施药的情况下,丙烷脒处理后不影响番茄灰霉病菌的产孢量,但所产孢子也表现出凹陷、变形等不良发育状况;透射电镜观察发现,在先施药后接菌的情况下,番茄灰霉病菌无法有效地侵入番茄表皮以下组织,病情得以有效控制;在先接菌后施药的情况下,药剂处理的番茄灰霉病菌可以侵入番茄表皮以下组织,但生长状况不良。不同时期丙烷脒处理后均能使番茄灰霉病菌的菌丝出现塌陷、生长点缢缩等不良生长现象;病菌菌丝细胞壁表现出不规则的加厚,尤以顶端加厚明显;线粒体异常增多,并出现基质型肿胀;病菌菌丝内细胞器液泡化,最终形成大的液泡;病菌细胞内含物外渗,出现质壁分离和空腔细胞;病菌细胞器泡囊化解体和细胞组织崩解,细胞趋于死亡等。研究表明,丙烷脒对番茄灰霉病菌的生长发育具有明显的影响,除具有保护性防病效果外,还表现出较强的治疗效果。     

制药工程专业微生物学教学改革与探讨

微生物学是制药工程专业的一门专业基础课,针对本专业对微生物学课程的要求,结合多年的微生物学教学经验以及为突出专业特色,近几年来我们从优化课程体系,注重培养学生的实践能力、创新能力、竞争能力,促进学生的全面发展等方面入手,对该课程进行了一些改革和探讨,已取得了一定的教学成果,为培养合格的制药工程专业人才打下基础。     

植物抗虫基因工程存在的问题及其解决策略

植物抗虫基因工程为害虫防治提供了一条崭新的途径,为农业的发展做出了积极的贡献。随着转基因植物的商品化,人们开始逐渐对转基因植物潜在的问题进行深入的研究。笔者主要对转基因抗虫植物大田应用潜在的问题及其解决策略研究现状进行了综述。     

小麦高分子量谷蛋白14亚基基因的PCR体系及原核表达研究

    小麦高分子量谷蛋白14亚基(HMW-GS 1Bx14)被认为可能对面团加工品质有很大贡献的亚基.为了验证其功能,本研究欲通过PCR方法扩增14亚基基因,并使其在大肠杆菌中大量表达,为下一步用掺粉实验验证其功能奠定基础.但是由于HMW-GS 1Bx14基因由2388 bp个碱基组成,GC含量较高,并且在基因中包含约1.6 kb的重复区,所有这些都使常规PCR难以成功扩增出HMW-GS 1Bx14 基因.本研究采取以下三种措施:①设计一对高Tm值的特异引物;②采用二段法PCR反应程序;③改良PCR反应的缓冲体系、添加有机溶剂(DMSO,甜菜碱等)和Taq酶保护剂(BSA等);最后成功地扩增出目的片段.此外由于不同生物间对密码子使用存在很大差异,因此HMW-GS 1Bx14基因很难在大肠杆菌中得到有效大量的表达.本研究选用万能菌株Rosetta(DE3)plysS作为表达用菌,从而克服了不同生物间密码子使用偏爱性的问题,成功的使HMW-GS 1Bx14得到表达,为下一步研究HMW-GS 1Bx14的基因功能奠定了基础.     

计算识别水稻基因组中microRNA基因

一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。     

丙烷脒对番茄灰霉病菌超微结构的影响

    利用电子显微技术研究了丙烷脒(propamidine)对番茄灰霉病菌(Botrytis cinerea Pers.)菌丝形态和细胞结构的影响.研究发现丙烷脒不仅影响菌丝的生长,而且引起菌丝形态和细胞结构一系列的变化.丙烷脒处理番茄灰霉病菌菌丝后,引起病菌菌丝形态和细胞结构的变化主要包括:菌丝分枝增多,并呈不规则的膨大和缢缩,细胞壁出现不规则的加厚,顶端加厚尤其严重,线粒体数目急剧增多且出现不规则的膨大现象,随着处理时间的延长,细胞出现空泡化和电子致密度增加现象.这些细胞学变化特征最终导致菌丝细胞解体死亡.