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【目的】提取及扩增蜜蜂(Apis mellifera L)sRNA,并构建文库检测富集结果是否满足高通量测序研究要求。【方法】取蜜蜂3个级型不同发育阶段个体作为材料,分别提取总RNA后混合,从中分离出15~40nt的sRNA,反转成cDNA后构建文库,进行蓝白斑筛选。挑选288个单克隆进行测序,对测序结果进行分析。【结果】有效序列为214条,插入的cDNA片段大小范围为15~39 bp。其中,sme-miR-71c miRNA 65条,ncRNA(包括tm-RNA、intron_ghI、5.8s rRNA)5条,tRNA 28条,siRNA及其他sRNA 33条, CDS 1条,未知序列82条。【结论】本实验采用的方法能有效富集蜜蜂sRNA,能够满足高通量测序从中识别出蜜蜂miRNA的研究。 相似文献
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蜡质芽孢杆菌aiiA基因的克隆及融合表达 总被引:2,自引:4,他引:2
设计一对可扩增aiiA基因完整的开放阅读框的简并引物对aiiA1和aiiA2,通过PCR技术对3株蜡质芽孢杆菌(Bc)的aiiA基因进行检测.结果表明,它们均含有aiiA基因.利用pMD18-T克隆载体直接从GP7菌株的PCR产物中克隆了aiiA基因.测序结果表明,该基因(GenBank登录号:AY943831)由753个碱基组成,编码含有250个氨基酸残基的蛋白质.该蛋白质推测的分子质量为28 ku,等电点约4.235.核苷酸序列的BLAST分析结果表明,与之同源性较高的基因均为Bc组aiiA基因(87%-99%).在氨基酸序列多重比较的基础上,应用PHYLIP软件构建了A iiA蛋白的系统发育树.此外,利用原核融合表达载体pMXB10初步研究了A iiA、几丁质结合蛋白(CBD)及Inte in融合蛋白诱导表达的情况. 相似文献
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以两种不同管理方式(常规和有机种植)和3个坡位(上、中、下坡位)表层土壤(0~20 cm)为研究对象,通过野外调查、高通量测序、功能预测结合分子生态网络分析,研究管理方式和坡位对土壤真菌群落结构、功能特征和共发生网络的影响。研究结果表明,管理方式和坡位对土壤真菌α多样性指数影响不显著,且不存在交互作用。在门水平,管理方式及不同坡位样地的优势真菌均为子囊菌门、担子菌门和被孢霉门,管理方式没有改变土壤优势真菌的种类,但影响其相对丰度。主坐标分析(PCoA)显示,管理模式导致茶园土壤真菌群落组成发生明显改变,常规管理方式下不同坡位之间的土壤真菌群落结构有显著差异(P<0.05),而有机种植下不同坡位之间无显著差异(P>0.05)。组间群落差异分析(LEfSe)表明,37个差异物种对管理方式非常敏感,不同管理方式富集了不同的真菌类群。共现性网络分析发现,有机茶园土壤真菌网络节点数、平均聚类系数、边数、网络中心性和网络密度均明显高于常规茶园,说明其生态网络结构更为复杂。不同处理茶园土壤真菌以腐生营养型为主(66.67%~70.18%),有机茶园土壤中内生-垃圾腐生-土壤腐生-未定义腐生真菌、木材腐生真菌和动物病原-内生-植物病原-未定义腐生真菌的丰度显著高于常规茶园,而未定义腐生真菌、植物病原真菌和动物病原-植物病原-未定义腐生真菌的丰度则显著降低。相关性分析和冗余分析结果表明,土壤全磷、有效磷、全钾、有机质、阳离子交换量和pH值是影响茶园土壤真菌群落结构的主要因子。综上所述,有机管理方式对茶园土壤真菌群落结构产生显著影响,提高了土壤有益真菌的数量(被孢霉属),增强了土壤真菌网络稳定性和抗干扰能力,降低了病原真菌的丰度(如拟盘多毛孢属和假拟盘多毛孢属等),具有良好的生态环境效应。 相似文献
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