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1.
牦牛品种的遗传多样性及其分类研究   总被引:24,自引:3,他引:21       下载免费PDF全文
 【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究,从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】(1)9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性,均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因(5~9);9个微卫星标记的平均多态信息含量(PIC)为0.6534(0.5037~0.7351),各群体的平均多态信息含量(PIC)差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6625,麦洼牦牛(若尔盖群体)平均杂合度最高,为0.6883,而九龙牦牛杂合度最低,为0.6317;各群体平均有效等位基因数为3.2680(3.189~3.4478),其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性,说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。(2)通过各指标的分析可以看出,九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大,遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛(红原群体)的遗传距离最大,为1.506;麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小,为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类,九龙牦牛单独成一大类,其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起,大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】(1)中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性;(2)本研究中的5个牦牛群体聚为两大类,与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致,说明中国牦牛分为两个类型是合理的。  相似文献
2.
 【目的】对牦牛H-FABP基因进行克隆和序列分析,以期为进一步开展牦牛该基因与其肉质性状的相关分析,进行分子标记辅助选择以及基因定位、表达等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对牦牛H-FABP基因进行PCR扩增并进行T-A克隆和测序,在此基础上使用RepeatMasker、DNAMAN4.0、BioEdit4.8.10、Clustal W1.81等生物信息学软件进行序列分析。【结果】牦牛H-FABP基因(已在NCBI上登录,登录号为DQ026674)由4个外显子和3个内含子组成,CDS序列全长为402 bp,前体氨基酸数为133个。4个外显子大小分别为73 bp、173 bp、102 bp和54 bp;3个内含子大小分别为3 460 bp、1 892 bp和1 495 bp;外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。外显子和内含子个数与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种相同。牦牛H-FABP基因序列中,重复序列所占比率为13.07%。内含子Ⅰ含有5个重复元件,包括1个SINE/Artiodactyls元件、1个SINE/MIR3元件、1个SINE/Bov-tA1元件和2个SINE/MIR元件;内含子Ⅱ无重复元件;内含子Ⅲ有3个重复元件,其中SINE/MIR元件、LINE/L2元件、SINE/Artiodactyls元件各1个。SINEs短重复序列所占比率为11.85%,哺乳动物分散性重复序列MIRs比率为6.44%。LINEs所占比率为1.22%,小于SINEs元件。其中,LINE1、BovB/Art2、L3/CR1重复元件以及LTR类反转录元件和DNA转座子元件在牦牛该基因区域中不存在。不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的保守性。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上同源性大小分别为99.8%、97.8%、97.0%、92.8%、88.8%、83.3%、83.1%、76.4%、68.7%;相应的氨基酸序列间同源性大小为100%、96.9%、96.9%、92.4%、88.7%、85.7%、85.7%、77.4%、69.9%。【结论】牦牛H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,其中外显子I、外显子Ⅱ、 外显子Ⅲ 和外显子Ⅳ大小分别为73 bp、173 bp、102 bp和54 bp,内含子I、内含子Ⅱ和内含子Ⅲ大小分别为3 460 bp、1 892 bp和1 495 bp。牦牛该基因区域含有较为丰富的重复序列元件且外显子与内含子的连接区序列遵循通常的基因组成规律。牦牛与普通牛、绵羊、山羊、猪、人、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼9个物种在H-FABP基因编码区核苷酸及氨基酸序列上具有较高的保守性。  相似文献
3.
西藏牦牛mtDNA COⅢ全序列测定及系统进化关系   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
 【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%(T)、29.4%(C)、26.1%(A)和15.2%(G),有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378—0.844。表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性。③在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%。碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%。④从mtDNA COⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系。【结论】西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点。  相似文献
4.
牦牛EPO基因的PCR-SSCP多态性研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
以巴州牦牛、大通牦牛和九龙牦牛为对象,对促红细胞生成素(EPO)基因用PCR-SSCP方法进行了多态性检测。结果表明:大通牦牛、巴州牦牛、九龙牦牛具有较丰富的遗传多样性,表现为AA,AB和BB3种基因型,AB为优势基因型,A为优势等位基因;经χ2适合性检验,3个牦牛品种在该基因位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时发现随着海拔高度的增加,A等位基因频率逐渐升高,BB型的频率则降低,群体杂合度和多态信息含量也逐渐降低,这种变化可能与牦牛对低氧的适应能力有一定的关系。  相似文献
5.
6.
7.
8.
研究牛microRNA的进化模式和现状,阐明microRNA的功能性SNP的作用和对动物表型的影响。选取牛per-microRNA及其相邻区域,统计各区域SNP数量和密度,考察SNP对microRNA二级结构稳定性和靶基因选择的影响。结果显示,per-microRNA的SNP密度显著低于其侧翼区,Seed区的SNP的密度较高,Seed区的SNP变异对per-microRNA二级结构稳定性的影响最高,microRNA成熟体SNP可能影响mi-croRNA对靶基因的选择。上述结果表明,牛在进化过程中可能存在加速进化的现象,目前牛microRNA的进化正处于活跃期。microRNA上的功能性SNP位点对microRNA的靶基因选择和结构稳定性有很大影响,并最终通过microRNA来影响动物表型的改变。  相似文献
9.
10.
为探究黑皮质素4受体基因(MC4R)在麦洼牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联分析,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对100头麦洼牦牛MC4R基因外显子区域进行多态性分析,并运用最小二乘方差分析法,对各基因型间体高、体质量、体斜长、胸围、管围等生长性状指标进行差异显著性检验。结果表明:MC4R基因引物P6上存在EE和EF 2种基因型,其中,粉嘴群只有EF基因型,存在严重偏态,EF型在2个群体中占绝对优势,E等位基因为优势基因;2个群体均处于中度多态(0.25相似文献
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