铁矿尾矿放线菌分离株的系统发育分析

[目的]通过确定12株典型分离株的系统发育地位,初步探讨铁矿尾矿中放线菌生物多样性。[方法]采用酚-氯仿法提取基因组DNA,PCR扩增16S rDNA并测序后进行系统发育分析。[结果]12株铁矿尾矿放线菌均属于链霉菌属,与进化关系最近的已知菌株同源性为98.7%～100%。[结论]铁矿尾矿中可培养放线菌类群以链霉菌为主,其中存在大量潜在的新种。     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

磁铁矿尾矿宏基因组DNA提取方法的初步研究

[目的]寻找一种有效的磁铁矿尾矿宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用直接提取法和SDS高-盐法提取邯邢矿区磁铁矿尾矿宏基因组DNA,比较2种方法的提取效果。[结果]直接提取法的提取效果较差,基本上没有提出DNA,SDS高-盐法的提取效果较好,DNA得率较高;23 S rDNA特异序列扩增结果显示,所提DNA能够满足PCR扩增的需要。[结论]所取尾矿样品中含有大量的金属离子,这些金属离子不但影响溶菌酶的活性,而且影响后续PCR扩增效率,所以提取DNA前需对样品进行高浓度TE处理。     

2株哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌的鉴定

通过对分离得到的哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌的鉴定,从分类学上为筛选得到生物安全性高的生产菌株提供指导。通过形态培养特征观察、生理生化特征鉴定和基于16SrDNA序列分析的系统发育分析对实验菌株进行鉴定。结果表明2株哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌,均为G-杆菌,通过16SrDNA序列同源性比较及系统发育分析,菌株210属于短波单胞菌属（Brevundimonas）、菌株418属于假单胞菌属（Pseudomonas）。菌株210、418的生理生化特征与其系统发育关系最近的种存在差异。通过将目的菌株的系统发育分析结果和形态生理结果与相关已知菌的比较,菌株210、418生物安全性较高,具有应用于工业生产的潜力。     

哌嗪-2-羧酸单一对映体产生菌的筛选与鉴定

经选择性富集、分离得到4株可以选择性转化(R,S)-哌嗪-2-甲酰胺产生(S)-哌嗪-2-羧酸单一对映体的菌株和1株可以选择性转化(R,S)-哌嗪-2-甲酰胺产生(R)-哌嗪-2-羧酸单一对映体的菌株。通过基于16SrD-NA序列分析的系统发育分析和形态培养特征观察、生理生化特征分析对试验菌株进行鉴定,结果表明:菌株412和437分别属于鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffii)和琼氏不动杆菌(Acinetobacterjunii),菌株211和610属于短波单胞菌属(Brevundimonas)、菌株416属于假单胞菌属(Pseudomonas)。     

铁矿尾矿放线菌分离株的系统发育分析(摘要)(英文)

[目的]通过确定12株典型分离株的系统发育地位,初步探讨铁矿尾矿中放线菌生物多样性。[方法]12株典型放线菌来源:将新鲜斜面菌株接种于贝奈特液体培养基中,28℃、180r/min摇床培养至对数生长中期。镜检验纯后4℃、10000r/min离心5min,收集菌体。采用酚-氯仿法提取基因组DNA,PCR扩增16SrDNA。所测序列采用Blast与GenBank中序列比较后,挑取相似性较大的菌株序列,采用MEGA4.1构建所测序列与相关种属的邻接法(Neighborjoining)系统发育树,并分析其系统发育地位。[结果]12株铁矿尾矿放线菌均属于链霉菌属(Streptomyces),其中菌株034005与红灰链霉菌(S.rubrogriseus)最近,序列相似性为99.2%;菌株035035与灰白链霉菌(S.griseoloalbus)最近,序列相似性为98.7%;菌株035015和035030与脆弱链霉菌(S.fragilis)最近,序列相似性分别为99.9%和99.6%;菌株035024与昌帕瓦特链霉菌(S.champavatii)最近,序列相似性为99.7%;菌株035004和035034均与娄彻氏链霉菌(S.rochei)最近,序列相同;菌株032004、032008和032015均与弗氏链霉菌(S.fradiae)最近,序列相似性分别为99.9%、99.8%和99.8%;菌株033003与黄褐链霉菌(S.flavofuscus)最近,序列相似性为100.0%;菌株035033与浅玫瑰链霉菌(S.roseolus)最近,序列相似性为99.8%。[结论]铁矿尾矿中可培养放线菌类群以链霉菌为主,其中存在大量潜在的新种。