高加索三叶草全长转录组测序及Dof转录因子家族分析

为探究面临长时间低温胁迫的高加索三叶草(Trifolium ambiguum Bieb.)的转录特征，本研究通过PacBio Sequel平台进行全长转录组测序，获得70 590条全长转录本(isoforms)。Isoforms的功能注释结果为：与红三叶的同源相似率最高，涉及信号转导机制、刺激响应、淀粉和蔗糖代谢通路、植物激素信号转导通路的Isoforms较多。Isoforms的结构分析结果为：预测到19 693个SSR、2 668条LncRNA、2 788个AS和2 917条TFs序列，TFs中的ERF,C3H,Dof等家族含序列数量较多。Dof转录因子家族的生物信息学分析结果为：42个Dof家族成员全部为亲水蛋白，大部分定位于细胞核；系统进化树分析将高加索三叶草与拟南芥Dof蛋白聚类为11个亚族；保守基序Motif1和Motif2出现的频率较高。以上发现可为下一步抗寒基因挖掘和功能验证提供数据支撑，并为解析高加索三叶草耐受长时间低温胁迫的生理生化机制奠定理论基础。