猪CA5B基因的序列特征和表达分析

旨在通过分析猪CA5B （线粒体碳酸酐酶VB,carbonic anhydrase 5b, mitochondria;CA5B/CAVB/Car5b）基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响。本研究采集6头240日龄贵州猪（公、母各3头）的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点（出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105 d和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d）（每个品种3头）的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点。结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类。CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段;靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控（P<0.05）;此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点。结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用。     

转lncRNA-GTL2对小鼠肠道微生物菌群组成的影响

本试验旨在研究通过转基因技术转入长链非编码RNA基因是否会对小鼠肠道微生物的菌落结构和构成产生影响,利用高通量测序技术对3月龄转基因和非转基因小鼠的肠道微生物菌群进行测序和分析,在门水平和属水平进行对比和t检验,结果显示,在同一性别内转入长链非编码RNA基因GTL2（lncRNA-GTL2）后,小鼠肠道微生物的菌落结构和构成总体上没有显著差异,但存在个体差异。本研究未发现转入长非编码RNA对肠道微生物菌群在门和属水平上产生显著的影响。     

猪circRNAs的系统鉴定及特征分析

旨在系统鉴定猪基因组中的环状RNAs（circular RNAs,circRNAs）,并对其分子特征进行分析。本研究采集长白、通城和五指山猪16个发育阶段（妊娠33、40、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100和105 d的胚胎以及出生后0和10 d）9种不同组织（背最长肌、心、脾、肺、肝、肾、胃、小肠和腿肌）样品,提取RNA再进行等量混合,构建链特异性转录组文库后,利用Illumina Genome Analyzer II平台进行测序,共获得1.18亿条总reads。采用CIRI2软件鉴定circRNAs,再利用生物信息学工具对鉴定的circRNAs进行分子特征分析。结果,共鉴定了8 486条circRNAs,其主要分布在1、6和13号染色体,91%的circRNAs为外显子型,平均长度为350 nt,平均GC含量为47.11%,每条染色体上的circRNAs数目与mRNAs数目显著正相关（R=0.84,P=1.285×10^-5）。最后,筛选出3条与骨骼肌生长发育相关的circRNAs（sus-MYH2_0025、sus-CDK13_0002和sus-FANCL_0003）。分析结果表明,sus-MYH2_0025具有高度的组织特异性,sus-CDK13_0002在猪、人和小鼠中高度保守,sus-FANCL_0003在猪和大鼠中高度保守。本研究利用转录组数据在猪基因组中对circRNAs进行系统鉴定和分子特征分析,为circRNA的功能和机制研究提供了丰富的信息,并为猪分子育种提供新的潜在候选基因。