东北虎源犬瘟热病毒H基因生物信息学分析

从GenBank数据库下载犬瘟热病毒14种基因型H基因237株序列,与3株东北虎源犬瘟热病毒序列比对之后进行同源性和位点变异分析,最后构建系统发育树。研究发现:3株东北虎源犬瘟热病毒(KC579362、KC579363和KM386683)分别属于Arctic-like和Asia-1基因型,与其他基因型毒株的同源性为89.94%~100%之间,H基因序列1 632(G→A)、1 664(C→T)、1 729(G→A)和1 795(G→A)位点的突变可能是CDV跨宿主传播给东北虎的关键突变位点。Arctic-like和Asia-1型毒株对东北虎威胁最大,H基因变异位点可为研究东北虎源序列遗传变异特征提供分子生物学依据。     

DNA条形码技术及其在野生动物保护中的应用

DNA条形码技术可以快速准确的进行物种鉴定,能够为野生动物的物种保护提供技术支撑.为此,对DNA条形码技术的原理、研究进展、优势与局限性,以及在野生动物保护中的应用前景进行了概述.     

菊花AP2/ERF家族全基因组分析

作为植物的转录因子家族之一,AP2/ERF基因家族在植物的发育调控、激素响应以及调控植物应对各种胁迫的生命过程中发挥关键作用。本研究基于菊花脑(Chrysanthemum nankingense)基因组,筛选到菊花AP2/ERF基因家族,并对该家族的成员进行基因与蛋白结构、蛋白理化性质、保守基序、启动子顺式元件、组织和胁迫条件下的表达特征等进行了相关分析。此外,结合现有的公共数据库的60个菊花转录组测序数据,通过WGCNA分析对该基因家族成员进行了初步的功能分类。研究结果表明：菊花AP2/ERF基因家族共筛选229个成员,分别将其命名为CnAP2001～CnAP2229。系统进化分析发现菊花AP2/ERF家族成员属于4个亚家族(AP2, ERF, DREB, RAV)以及3个Soloist (未分类)序列。通过WGCNA的方法,将筛选的39 508个表达的基因划分为36个模块。分析发现有31个AP2/ERF家族成员在花发育相关的7个模块,20个成员在胁迫相关的3个模块。综上所述,AP2/ERF家族成员在菊花花发育过程以及非生物胁迫过程中发挥着重要功能,本研究为菊花分子育种提供了新的思路...     

东北虎豹国家公园犬瘟热空间分布预测

犬瘟热是由犬瘟热病毒引起的、广泛分布的致死性传染病,犬瘟热的流行对虎豹公园内旗舰物种的保护造成了巨大威胁.为了系统的了解犬瘟热在公园内的风险水平,本研究通过最大熵模型、主成分分析等方法探究犬瘟热在东北虎豹公园高发区域的分布及环境因子与犬瘟热暴发之间的关系,为该地区犬瘟热的预防和控制提供理论和依据.研究表明,犬瘟热风险分...     

中国犬瘟热病毒系统发育地理学研究

犬瘟热是由犬瘟热病毒引起的可以感染多种属动物的急性致死性传染病,近年来犬瘟热在中国各地不断爆发。为阐明犬瘟热病毒在中国的空间流行病学规律及进化特征,采用系统发育地理学方法,利用BEAST1.10.4、MAFFT7.0等软件,对80条中国的犬瘟热H基因全长序列进行分析。结果显示,中国犬瘟热病毒流行株基因型主要为Ⅰ型,其在中国最早于1964年由贵州起源,传播至北京后开始了在全国范围内的大爆发。该流行毒株先经由北京传播至黑龙江、辽宁、山东、河北、甘肃、吉林、湖北、陕西、广西和新疆,而后完成了在全国范围内的覆盖。上述结果对于我国犬瘟热病毒溯源研究和免疫预防具有重要指导意义。