动物染色质三维基因组及转录调控研究进展

真核生物细胞核内基因组染色质并不是以线性分子的形式无序存在,而是以不同层次的三维结构有序地压缩在细胞核内,这种复杂的三位基因组结构在基因转录、DNA复制、细胞分裂和减数分裂等过程中具有重要作用。染色质构象捕获技术(chromosome conformation capture,3C)及其衍生技术是目前鉴定基因组染色质三维结构的主要手段。本文将从基因组染色质三维结构层次、研究技术、表达调控机制、在动物育种中的应用及展望等方面概述三维基因组学的研究进展。     

Circular RNAs:鉴定、表达和功能

随着第二代测序技术的发展,过去数十年功能性非编码RNA的种类不断增长。Circular RNAs(circRNA)是3’和5’端共价结合形成的一类环形RNA,表达广泛且丰度高。它们一般是由pre-mRNA经反式剪接(backsplicing)而形成的,即上游剪接受体与下游剪接供体结合。尽管对于circRNA的功能还没有定论,但是许多研究已表明许多真核生物均有circRNA的表达,并且在哺乳动物中具有保守性,但它们的调控方式与其同源线性RNA不同。研究表明circRNA呈发育调控、组织/细胞特异表达,并且所有真核生物均存在circRNA。这些特性表明circRNA或许具有重要功能。本文将重点探讨circRNA的经典实例、检测方法、功能作用。     

中国部分地方黄牛遗传改良及其种质资源利用现状

黄牛作为中国传统的"六畜"之一,对农耕文明的延续和中华民族的发展举足轻重。虽然中国本地黄牛具有耐粗饲、抗逆性好、肉质细嫩等特点,但其自身存在的生长速度慢、体型发育不佳、胴体产肉少、优质牛肉切块率低等缺点,导致在全球动物种业竞争不断加剧的情况下,我国黄牛产业缺乏核心品种的专业化竞争力的问题也日益严重。为此,本文对我国主要黄牛品种遗传改良方法、种质资源利用现状进行阐述,并对黄牛改良进程中出现的问题提出了相应的建议和对策。     

秦川牛和郏县红牛GBP2基因拷贝数变异检测及其对生长性状的效应分析

本研究旨在黄牛中检测GBP2基因的拷贝数变异及其遗传效应分析。运用实时定量荧光PCR(q PCR)技术,分别在80头秦川牛和30头郏县红牛个体中检测GBP2基因2个拷贝数变异CNV1和CNV2,并对GBP2基因这2个拷贝数变异与黄牛的生长性状进行关联分析。结果表明:GBP2基因拷贝数在秦川牛和郏县红牛中均存在Gain(拷贝数增加)、Median(拷贝数正常)和Loss(拷贝数缺失)3种类型;关联分析发现,GBP2基因拷贝数变异对秦川牛体长、体高和体重等几个重要性状的影响差异显著(P0.05),其中CNV1和CNV2均表现为Loss/Median型在生长性状上优于Gain型;在郏县红牛中CNV1为Loss型的个体在腰角宽和坐骨端宽性状上显著强于Gain/Median型,CNV2则在体高上表现为Loss型优于Median型(P0.05)。因此,GBP2基因的拷贝数变异CNV1和CNV2均与生长性状显著相关,可作为秦川牛和郏县红牛的生长性状辅助选择分子标记之一。