绵羊RFXANK基因多态性与肉用性状的关联分析

【目的】探究绵羊(Ovis aries)RFXANK基因多态性及其与肉用性状之间的关系,为优质肉羊育种提供有效的分子遗传标记。【方法】采用液相捕获技术测定杜泊羊(D)、小尾寒羊(XH)和滩羊(T)3组91头羊,通过液相捕获技术获取RFXANK的突变位点,并从中选出3个多态位点(rs160009883、rs420498050、rs405773959)。针对筛选出的位点,采用飞行质谱检测技术对杜滩寒三元杂交羊(DTH)、杜泊羊、小尾寒羊和滩羊共30只进行遗传分型,并与其肉用性状进行关联分析。【结果】rs160009883位点AA基因型宰前活重、胴体重、净肉重极显著高于CC基因型(P<0.01),AA基因型净肉率显著高于CC基因型(P<0.05),CA基因型净肉重显著高于CC基因型,AA、CA基因型胸围显著高于CC基因型;rs420498050和rs405773959位点AA基因型宰前活重、屠宰率、净肉重、胴体重、净肉率极显著高于GG基因型,AA基因型胸围、背膘厚显著高于GG基因型;3个位点不同基因型与GR值、肌纤维直径、肌纤维密度、蛋白质、肌苷酸、丙氨酸和缬氨酸均呈显著相关,与...     

绵羊B4GALNT2和ESR1基因多态性及其与产羔数的关联分析

为探究影响宁夏地区优质肉羊培育中多羔性状的候选位点，试验以杜泊羊、滩寒杂交羊、杂一代、杂二代和横交一代5个绵羊群体为研究对象，采用飞行质谱技术对5个绵羊群体β-1，4-N-乙酰半乳糖胺转移酶2（beta-1，4-N-acetyl-galactosaminyl transferase 2，B4GALNT2）基因g.36933082 G>A和g.36946470 G>A位点以及雌激素受体1（estrogen receptor 1，ESR1）基因g.75378892 A>T位点进行多态性检测，并与绵羊产羔数进行关联分析；应用生物信息学在线软件分析B4GALNT2和ESR1基因突变前后蛋白质的二级结构和三级结构。结果显示，B4GALNT2基因的g.36933082 G>A和g.36946470 G>A位点均存在3种基因型：AA、AG和GG，且GG基因型均为优势基因型；ESR1基因的g.75378892 A>T位点存在3种基因型：AA、TA和TT，且AA基因型为优势基因型。g.36933082 G>A和g.36946470 G>A位点在5个绵羊群体中均表现为低度多态（PIC<0.25），g.75378892 A>T位点在5个绵羊群体中均表现为中度多态（0.25<PIC<0.5）；3个位点在5个绵羊群体中均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）。关联分析结果表明，g.36933082 G>A和g.36946470 G>A位点不同基因型在5个绵羊群体中的产羔数均无显著差异（P>0.05）；g.75378892 A>T位点在杂一代绵羊群体中TA基因型个体产羔数显著高于TT基因型（P<0.05）。生物信息学结果表明，3个位点均导致对应蛋白质的二级结构和三级结构发生变化。综上所述，B4GALNT2基因g.36933082 G>A和g.36946470 G>A位点不适用于5个绵羊群体多羔性状的选育，ESR1基因g.75378892 A>T位点可作为杂一代绵羊群体多羔性状的分子辅助标记。     

绵羊IGF1R基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】 探究胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因遗传变异对绵羊生长性状的影响,以期为优质肉羊新品种(系)培育提供有效的分子遗传标记。【方法】 利用液相捕获测序技术获得IGF1R基因在杜泊羊、小尾寒羊和滩羊共91只羊中的变异位点,筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点。针对筛选出的位点利用飞行质谱对3个绵羊品种杂交后代383只绵羊进行检测,并与初生及3月龄绵羊的生长性状进行关联分析。【结果】 3个绵羊品种IGF1R基因共检测到347个突变位点,其中外显子SNPs共8个:g.7628315 T>C、g.7628528 T>C、g.7628690 C>T、g.7833817 C>T、g.7836687 C>T、g.7840691 T>C、g.7855904 C>G、g.7872277 C>T,在群体中均表现出多态性,χ²检验结果表明,除小尾寒羊g.7628690 C>T位点外其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。g.7628528 T>C和g.7872277 C>T位点在3个绵羊群体中均表现为低度多态(PIC<0.25);g.7833817 C>T位点在3个绵羊群体中均表现为中度多态(0.25<PIC<0.50);其余5个位点表现为在1或2个群体内的中度多态。单个位点关联分析表明,g.7628528 T>C位点与F2代的3月龄体重、胸围,H2代的初生胸围均呈显著相关(P<0.05);g.7628690 C>T位点与H2代的初生胸围呈显著相关(P<0.05);g.7833817 C>T位点与F2代的3月龄体高呈显著相关(P<0.05);g.7836687 C>T位点与F1代的3月龄体重和胸围、F2代的3月龄体高均呈显著相关(P<0.05);g.7855904 C>G位点与F1代的3月龄胸围、F2代的初生胸围均呈显著相关(P<0.05);g.7872277 C>T位点与H1代的3月龄胸围,H2代的初生体重、体高、胸围及3月龄体高均呈显著关联(P<0.05);g.7628315 T>C位点与F1代的3月龄体高、体斜长,H2代的3月龄体高均呈显著相关(P<0.05);g.7840691 T>C位点与生长性状无显著关联(P>0.05)。连锁不平衡分析发现,g.7628315 T>C-g.7628528 T>C和g.7833817 C>T-g.7840691 T>C形成了2处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后均形成6种基因型,其中优势基因型分别为H2H2和H5H6。单倍型组合关联分析发现,H3H1基因型个体初生体斜长显著高于H3H2基因型(P<0.05);H2H2基因型个体3月龄体高显著高于H1H2基因型(P<0.05);H4H5基因型个体3月龄体斜长显著高于H4H6基因型(P<0.05);其他生长指标在各组合基因型间差异均不显著(P>0.05)。【结论】 IGF1R基因的遗传变异对绵羊的生长性状有显著影响,8个SNPs位点可作为绵羊生长发育过程中的潜在候选遗传标记,本研究结果可为IGF1R基因在肉羊中的选种选育提供重要参考,为肉羊的分子标记辅助育种提供理论依据。     

绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】探讨绵羊肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉用性能的选育提供有效的遗传分子标记。【方法】利用液相捕获测序技术获取MSTN基因在杜泊羊(D)、滩羊(T)和小尾寒羊(XH)共91只绵羊中的变异位点,并筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点。针对筛选出的位点,利用飞行质谱检测技术对滩羊、小尾寒羊、杜泊羊和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,并与肉质性状进行关联分析。【结果】试验筛选出的MSTN基因rs129059715位点在4个绵羊群体中共检测到3种基因型,分别为15个CC基因型、9个CA基因型及6个AA基因型,C为优势等位基因(除杜滩寒三元杂交羊外)。在杜泊羊、滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在小尾寒羊群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);在杜泊羊和小尾寒羊群体中均处于低度多态(PIC<0.25);在滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处...     

绵羊BMP2、BMP4和BMP7基因多态性与产羔数的关联分析

为探究BMP2、BMP4、BMP7基因多态性与绵羊产羔数之间的关联性,筛选与绵羊产羔数相关的分子标记,本研究利用飞行质谱技术对5个群体(杜泊羊、滩寒杂交羊、杂一代、杂二代和横交一代)768只绵羊BMP2基因g.48462350C>T位点和BMP4基因g.63454744T>G位点以及BMP7基因g.58171856C>G位点进行检测,并与产羔数进行关联分析。结果表明：BMP2基因g.48462350C>T位点检测出CC、CT、TT3种基因型,在5个绵羊群体中均为中度多态(0.25G位点检测出TT、TG、GG3种基因型,在5个绵羊群体均表现为低度多态(PIC<0.25);BMP7基因g.58171856C>G位点检测出CC、CG、GG 3种基因型,在5个绵羊群体均为低度多态(PIC<0.25)。BMP2基因g.48462350C>T位点在杜泊羊群体中不处于哈代-温伯格平衡状态(P<0.05),在其他群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);BMP...     

绵羊ADIPOQ多态性与生长性状的关联分析

【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X ²检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F₂代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F₂代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F₁代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H₁代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F₁代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F₁代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F₂代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H₁代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H₂代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F₂代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F₂代、H₁代和H₂代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。     

绵羊GRM1基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探究绵羊代谢型谷氨酸受体1基因(GRM1)多态性及其对绵羊肉质性状的影响，以期为绵羊肉质性状选育提供有效的遗传分子标记。采用液相捕获测序技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)3个绵羊群体共91只绵羊的GRM1基因进行测序，筛选出2个多态位点rs403075278和rs415006419。利用飞行质谱检测技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型，对筛选出的位点与肉质性状进行关联分析。结果显示：不同基因型绵羊的肉质性状存在显著差异，GRM1基因rs415006419位点的CT基因型绵羊肾的质量显著(P<0.05)大于TT基因型，TT基因型绵羊肌肉的酪氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型。rs403075278位点TT基因型绵羊的宰前活重、胴体重、净肉重、十二指肠长度，以及心、肺和肾的质量均极显著(P<0.01)大于CT基因型；TT基因型绵羊的背膘厚、净肉重、脾的质量、肌肉的脂肪、钙含量、苯丙氨酸和组氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型；CT基因型绵羊的pH值、剪切力和失水率极显著(P...