全基因组SNP分型技术在畜禽遗传育种研究中的应用

随着畜禽资源分子鉴定、物种进化、全基因组育种等热点领域的逐渐兴起,准确的全基因组SNP分型成为了畜禽基因组研究的关键。基因芯片、重测序、简化基因组测序及靶向捕获测序等全基因组SNP分型技术已广泛应用于畜禽基因组研究中。本文概述了全基因组SNP分型技术的原理及其在全基因组关联分析、选择信号分析和畜禽遗传资源背景分析等方面的应用,以期为畜禽基因组研究和育种应用提供借鉴和参考。     

胎次及配种季节对大白猪繁殖性能的影响

为了进一步了解美系大白猪的繁殖性能,收集北京某核心育种场美系大白猪1703头的生产记录,统计分析不同胎次及配种时间对大白猪繁殖性能的影响。结果表明:1胎的总产仔数和活仔数最少,5胎最多,其他胎次对产仔数影响不显著;死胎数随着胎次增长而递增;木乃伊数受胎次影响无明显规律;3胎仔猪初生重最大,1胎仔猪初生重最小,且与其他胎次差异显著;胎次对断奶成活率影响较大,2跆仔猪成活率最高,7胎仔猪成活率最低;春季配种活仔数明显高于冬季,且死胎数较低;春季配种仔猪初生重较高,且成活率高于其他季节。可以得出结论:3、4、5胎可以作为母猪繁殖性能评定的依据,春季配种的生产成绩较好。     

北京地区大白猪基因组联合育种研究

【目的】 利用基因组选择技术,进行北京地区大白猪基因组联合遗传评估,并实施基因组选择分子育种,预测刚出生的小公猪基因组估计育种值,提高选种准确性。【方法】 利用北京地区3家核心育种场英、美系大白猪2007-2017年场内性能测定记录,筛选4020头个体构建基因组选择混合参考群,性状包括达100kg体重日龄、100kg活体背膘厚和总产仔数,参考群个体和候选公猪个体基因型信息主要采用Illumina 80K SNP芯片进行测定。基因组育种值采用同时利用系谱信息和基因组信息的一步法（SSGBLUP）方法,对3家核心场猪只进行基因组联合遗传评估,分别在公猪去势前和性能测定结束时预测大白公猪生长性状和繁殖性状基因组估计育种值（GEBV）,并进行相应选种。3个场之间的场间遗传联系用关联率衡量。【结果】 场间关联率计算结果表明,由于遗传背景差异,北京地区3家核心场场间遗传联系偏低,无法开展传统联合遗传评估,但基于基因组信息的G矩阵亲缘关系结果显示,不同群体间个体存在亲缘关系,说明通过基因组选择可以实现3个育种场间的基因组联合遗传评估。基因组选择实施后,累计基因组预测大白公猪1789头。与传统育种方式相比,基因组选择准确性大幅提高。实施第一次基因组选择或早期选择时（公猪去势前）,达100 kg体重日龄、100 kg活体背膘厚和总产仔数系谱指数的准确性分别为0.55,0.56和0.41,而3个性状GEBV的准确性分别为0.65,0.70和0.60,提高了10、14和19个百分点。终选（性能测定结束）时,3个性状的传统育种值（EBV）准确性为0.70、0.72和0.41,GEBV准确性进一步提高至0.78、0.84和0.60,提高了8、12和19个百分点。低遗传力的总产仔数准确性提高幅度最大。公猪去势前初选时基因组选择准确性与常规性能测定结束时的常规育种值选择准确性几乎一致,表明基因组选择早期选种效果与常规育种相当,节省了育种时间和成本。338头完成性能测定的候选公猪两次基因组选择准确性表明,第二次基因组选择由于加入了候选公猪的测定信息,达100kg体重日龄和100kg活体背膘厚的GEBV准确性由第一次的0.55和0.62分别提高到0.72和0.84,提高了17和22个百分点。无偏性系数在0.82-1.00之间,两性状GEBV的无偏性由第一次基因组选择的0.82、0.96 分别提高到0.91、1.00,说明第二次估计的偏差更小,结果可信度更高,能更准确选出优秀的种公猪。【结论】 基因组选择可以建立场间遗传联系,实现常规育种不能进行的联合遗传评估,能够进行更大范围的联合育种。基因组选择的准确性高于传统的系谱指数和育种值选种,且低遗传力性状提高幅度最大。基因组选择能够实现早期选择,提高育种效益。     

不同近交程度对大白猪生长性能的影响

遗传学上将有亲缘关系的个体间的交配称为近交,但在育种学上认为,如果双方间存在亲缘关系就叫近亲交配,简称近交。本文使用stata软件通过单因素方差分析研究了不同近交程度对大白猪背膘厚的表型值、EBV值和大白猪达100 kg体重的日龄的表型值、EBV值的影响。试验结果表明:近交系数低于12.5%时对背膘厚度和达100 kg日龄的表型值、EBV值的影响均不显著(P》0.05);近交系数高于1 2.5鬈时仅对达100 kg日龄EBV值的影响有极显著差异(P≤0.01),对其他三个性状影响均不显著(P>0.05)。可见,温和近交(近交系数<12.5%)对大白品种的猪背膘厚和达100 kg体重日龄的影响不显著。