基于生物网络功能模块整合组方规律分析四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的作用机制

从功能模块水平研究中药复方四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的分子作用机制，并阐释其配伍规律。使用TCMSP、TCMID、HERB数据库筛选方中黄连、黄柏、大黄、黄芩、板蓝根、甘草6味中药的有效成分，收集相关药物靶点；使用GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取仔猪腹泻的疾病靶点；比较分析药物靶点和疾病靶点的交集并用韦恩图表示，将其上传至STRING数据库进行蛋白相互作用分析；采用Cytoscape软件绘制靶点蛋白相互作用网络图(protein-protein interaction network, PPI);应用MCODE插件对PPI网络进行功能模块识别；运用David数据库对功能模块进行KEGG通路富集分析。结果表明：1)网络分析筛选活性成分180个，主要包括生物碱、黄酮、蒽醌、苷类成分；药物靶点蛋白88个，猪腹泻相关靶点470个，二者的交集靶点35个。2)蛋白互作网络分析表明，由17个靶点蛋白组成的模块1是中药复方四黄止痢颗粒的功能模块。3)KEGG富集分析表明，模块1主要涉及的通路包括TNF、IL-17以及NF-κB等17个信号通路。4)归经分析表明，四黄止痢颗粒主要作用于脾、...     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...