影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA (lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据.本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n-3)和大约克夏公猪(n-3)为研究对象,收集背最长肌肉品...     

使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1 256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1 256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示：共检测到32个与TG含量相关的SNP位点,其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10^-5),二花脸猪中有8个(P<1.8×10^-5),DLY中有18个(P<1.8×10^-5);Meta-GWAS分析结果显示：发现2个与TG含量相关的新SNP位点;并利用Ensembl数据库,在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定,一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因,其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP;在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5;在DLY中发现的基因为DM...     

部分河南地方猪与藏猪选择信号分析

本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示：河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数（Fixation indices,Fst）方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。