基于比较基因组学分析的方法定位及注释双峰驼MHC基因

【目的】定位并注释双峰驼主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因序列,为进一步研究双峰驼MHC基因提供科学依据。【方法】运用比较基因组学方法,提取人类MHC(HLA)基因编码序列和牛MHC(BoLA)基因编码序列并分别与双峰驼转录本进行blastn基因序列比对,识别出相似度较高的scaffolds,通过分析HLA、BoLA基因序列比对在这些scaffolds上的位置顺序,对多条scaffolds进行拼接,得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;再分别提取HLA、BoLA全基因组序列与双峰驼已拼接的scaffolds进行基因组共线性分析,利用lastz建立起的Pseudo chromosome与HLA、BoLA全基因组序列的线性关系判断筛选出的scaffolds是否准确;然后通过分析MHC基因在两物种间的线性关系,在双峰驼参考基因组中提取出MHC基因序列,并对这些序列进行基因注释;最后根据得到的双峰驼MHC基因绘制系统进化树,研究其基因间的进化关系。【结果】通过对HLA、BoLA基因编码序列与双峰驼转录本用blastn进行序列比对,识别出了相似度较高的3条scaffolds,即NW_011511766.1(全长4.1M)、NW_011515227.1(全长1.2M)和NW_011514613.1(全长15K),对其拼接得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;利用lastz共线性分析,识别出HLA基因序列和BoLA基因序列并比对出其在双峰驼MHC基因的共线性区域。该区域与拼接得到的Pseudo chromosome一致,证明筛选出的scaffolds是准确的。并且发现Class-Ⅰ类和Class-Ⅲ类基因集中分布在NW_011515227.1上,而Class-Ⅱ类基因集中分布在NW_011511766.1和NW_011514613.1上,进一步分析得知Class-Ⅱ类基因主要分布在NW_011511766.1的3.5—4.1M的位置;将存在共线性区域的序列提取出来,与比对到双峰驼上的MHC基因的编码序列进行blat分析,结果在双峰驼基因组中共识别出24个与牛BoLA基因高度相似的基因,其中Ⅰ类基因1个,Ⅱ类10个,Ⅲ类基因13个。对双峰驼这24个MHC基因进行信息注释并绘制系统进化树,结果显示注释的Class-Ⅰ类和Class-Ⅱ类基因在同一分支。【结论】通过比较基因组学方法定位并注释了双峰驼的MHC基因,将双峰驼MHC基因序列定位到了3条scaffolds上,找到并注释了24个MHC基因,绘制了双峰驼MHC的Pseudo chromosome,为进一步研究双峰驼MHC基因奠定了理论基础。     

阿拉善双峰驼阴道蝇蛆的形态结构观察

阿拉善双峰驼阴道蝇蛆病是由黑须污蝇(Wohlfahrtia magnifica)幼虫寄生而引起的一种疾病,论文对阿拉善双峰驼阴道蝇蛆形态结构进行了观察。一期幼虫为从野外捕捉的黑须污雌蝇体内获得或从双峰驼阴门附近采集雌蝇刚排出的一期幼虫;在患病驼阴道病灶处可以捕捉到二期、三期幼虫,采用扫描电子显微镜、一体式解剖显微镜、超景深成像仪等进行观察并描述。在解剖镜下看到蝇蛆具有12段体节,分别为1段双叶伪头、3段胸节、7段腹节和肛部。扫描电子显微镜下观察到一期幼虫双叶伪头上具有很多感受器和一对口钩,口钩附在头骨架上,蝇蛆体表有很多硬刺,每一体节上刺的数量与排列方式不同。黑须污蝇二期、三期幼虫前呼吸孔呈扇形,由5个分支组成。肛部为最后一体节,呈半球型,后呼吸孔隐藏在气门腔内。     

阿拉善戈壁驼与沙漠驼屠宰性能与骨骼肌组织学性状研究

为了研究阿拉善戈壁驼与沙漠驼屠宰性能和骨骼肌组织学性状,试验随机选取6,8,10齿龄的阿拉善戈壁驼和沙漠驼,每个品种、每个齿龄各6峰,共36峰,测量体尺指标并统计屠宰性能,选取成年(8齿龄)阿拉善戈壁驼和沙漠驼臂三头肌、股二头肌、背最长肌制作组织切片,观察肌纤维性状。结果表明:相同齿龄阿拉善戈壁驼体高、体长、活重、胴体重、净肉重、屠宰率、净肉率均显著或极显著大于阿拉善沙漠驼(P0. 05或P0. 01);阿拉善沙漠驼臂三头肌、股二头肌、背最长肌肌纤维直径、肌纤维横截面积均显著或极显著大于阿拉善戈壁驼(P0. 05或P0. 01),而肌纤维密度显著小于阿拉善戈壁驼(P0. 05)。说明阿拉善戈壁驼产肉量大,不仅与其体尺指标相关,还与肌纤维数量的增多有关。