反刍动物瘤胃噬菌体的宏基因组学研究方法及进展

病毒(virus)存在于各种动物胃肠道中,反刍动物瘤胃也不例外.瘤胃是一个复杂且多样的微生态系统,包括细菌、真菌、原虫、古生菌和病毒等多种微生物.目前,多组学技术和生物信息学分析手段被广泛用于瘤胃细菌群落的研究.有研究表明,饲粮、环境及宿主基因型会对瘤胃细菌多样性和菌群结构产生影响;瘤胃细菌也会反过来影响宿主机体代谢、...     

赖氨酸及其在反刍动物营养上的研究进展

随着对反刍家畜蛋白质营养体系的深入研究,反刍家畜饲粮、瘤胃及小肠中氨基酸的组成和比例也得到进一步探索。赖氨酸作为一种限制性氨基酸,在反刍家畜生长、生产性能、瘤胃发酵及微生物区系组成等方面有着重要影响,赖氨酸还会影响其他营养物质的代谢。本文基于近些年来国内外的相关研究,总结了赖氨酸的生理功能、合成与分解代谢,以及赖氨酸对反刍家畜瘤胃微生物、消化代谢和生产性能的影响,为赖氨酸在反刍家畜的生产与应用上提供理论依据与技术指导。 [关键词] 反刍家畜|赖氨酸|氨基酸|代谢     

宏基因组学技术分析山羊瘤胃病毒的多样性

反刍家畜瘤胃内微生物丰富多样，病毒(主要是噬菌体)亦是其重要组成部分。瘤胃内所有的病毒可统称为瘤胃病毒组(ruminal virome),可以利用宏基因组学(metagenomics)技术进行研究。解析山羊瘤胃病毒组的组分及功能有望更全面地了解其在瘤胃微生态区系中的地位和作用。为使测序结果能覆盖瘤胃中绝大部分病毒群落，不仅在样品的预处理阶段要尽量避免病毒样颗粒的损失，而且要保证瘤胃病毒组总DNA的提取质量和产量均满足宏基因组测序的要求。本研究比较了制备瘤胃液病毒组分的4种流程：(P1)离心+稀释、(P2)离心+稀释+过滤、(P3)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀、(P4)离心+稀释+过滤+聚乙二醇沉淀+氯仿处理。提取核酸后采用Illumina Novaseq 6000平台对瘤胃病毒基因组DNA进行测序，并对病毒群体结构进行分析比较，以筛选出瘤胃病毒组样品制备的最优流程。结果表明，聚乙二醇沉淀有助于病毒核酸提取，而氯仿处理过度影响病毒组分产量；山羊瘤胃内病毒群落主要是尾状病毒目的长尾病毒科、肌尾病毒科和短尾病毒科噬菌体。研究结果为深入分析噬菌体在山羊瘤胃微生态区系中的作用奠定了基础。